農業別收入基金下設農發基金、林務基金、天災救助基金、漁發基金、農損基金及農再基金等6個分基金，112年度預算案預計辦理農業貸款利息差額補貼計畫、糧政業務計畫等26項業務計畫，基金用途600億5,136萬4千元，較111年度預算數515億6,225萬9千元，增加84億8,910萬5千元(增幅16.46%)。經查：
(一)預算編列與執行之相關規定
1.預算法第89條規定：「附屬單位預算中，營業基金以外其他特種基金…其預算之編製、審議及執行…準用營業基金之規定。」同法第87條第1項規定：「各編製營業基金預算之機關，…其配合業務增減需要隨同調整之收支，併入決算辦理。」附屬單位預算執行要點第29點亦規定；「政事基金…年度預算執行期間，因業務增減隨同調整之基金來源及基金用途及因經營環境發生重大變遷或正常業務之確實需要，…併年度決算辦理。」
2.112年度中央政府總預算附屬單位預算編製應行注意事項-非營業部分第一(三)點規定，為落實有計畫始有預算之精神，各基金涉及 112 年度預算之計畫，應依核定計畫核實編列預算，並強化計畫與經費編製作業，建立計畫控管機制，當年度必須辦理之計畫，均應配合年度預算編製時程核實估列所需經費，納入年度預算；各項營運(業務)計畫，應配合營運(業務)及施政目標訂定，參照以前年度執行情形、衡酌業務發展實需、基金財務能力等，核實編列預算，並設法加強計畫執行，以增進營運效能。
3.附屬單位預算執行要點第24點第1款與第3款及第26點第3款規定，政事型基金應加強財務控管，在可用財源範圍內推動各項業務計畫，其業務計畫如屬多年期者，應有完整規劃及財源支應方案，而中央政府特別收入基金之財源以國庫撥款為主者(指公庫撥款收入占基金來源達50%)，基金用途之執行，以不超過預算為原則；年度進行中，已編列預算之業務計畫確因業務需要，致增加經費者，應優先檢討停辦或緩辦不具效益或不具急迫性項目，以於原計畫法定預算總額內調整容納為原則。
(二)部分業務計畫近年屢屢超支併決算，且金額龐鉅
農業特別收入基金屬政事型特種基金，係政府運用特別收入來源，以專款專用方式推動特定政策或業務，爰應衡酌財務資源可能流入情形，規劃辦理符合設置目的之各項計畫與用途，並本量入為出原則編列年度預算及據以執行。以該基金108至112年度基金來源觀之(詳表1)，公庫撥款收入占基金來源之比率介於76.56%至85.37%間，顯示基金來源主要來自公庫撥款收入，惟108至110年度計有15個業務計畫因預算編列不敷支應而辦理超支併決算（詳表2），超支總金額分別為84億463萬6千元、114億7,560萬8千元及88億6,792萬2千元，且其中如農發基金之農業貸款利息差額補貼計畫、糧政業務計畫、產銷調節緊急處理計畫、農漁民子女助學金計畫、天災救助基金之農業天然災害救助計畫、農損基金之產業調整或防範措施計畫、對地綠色環境給付計畫、農再基金之農村再生建設及發展計畫等，3年內超支2或3年度，超支金額多逾億元，超支比率則由1.93%至3.15倍不等，允宜檢討並審慎控管經費。
表1 農業特別收入基金108至112年度基金來源明細表
單位：新臺幣千元；%
項目
108年度
決算數
109年度
決算數
110年度
決算數
111年度
預算案數
112年度
預算案數
基金來源(A)
54,621,151
68,876,466
41,022,432
43,296,849
42,882,022
公庫撥款收入（B）
45,538,387
58,802,373
31,408,648
34,590,613
34,138,431
公庫撥款收入占基金來源之比率(B)/(A)
83.37
85.37
76.56
79.89
79.61
資料來源：農業特別收入基金歷年預、決算書。
表2 農業特別收入基金108至110年度採超支併決算計畫明細表
單位：新臺幣千元；%
分基金別
業務計畫名稱
年度
預算數
(A)
決算數
（B）
超支併決算數
(C)=(B)-(A)
超支比率
(D)=(C)/(A)
農發
基金
農業貸款利息差額補貼計畫
109
2,071,314
2,233,086
161,772
7.81
110
2,448,162
2,586,816
138,654
5.66
糧政業務計畫
108
12,871,447
17,423,373
4,551,926
35.36
109
12,140,049
17,862,452
5,722,403
47.14
110
12,706,347
14,081,694
1,375,347
10.82
產銷調節緊急處理計畫
108
158,755
659,512
500,757
315.43
109
158,755
443,695
284,940
179.48
110
190,823
343,649
152,826
80.09
農漁民子女助學金計畫
108
900,383
1,083,114
182,731
20.29
109
1,074,487
1,095,180
20,693
1.93
110
1,024,030
1,065,667
41,637
4.07
處理農會漁會信用部計畫
108
58,215
61,419
3,204
5.50
減船利息補貼計畫
109
0
24,683
24,683
-
精進家畜保險業務計畫
110
338,550
410,093
71,543
21.13
輔導菸農轉型與檳榔廢園轉作計畫
110
27,000
47,499
20,499
75.92
林務
基金
森林遊樂及林業鐵路經營管理計畫
110
1,195,786
1,980,611
784,825
65.63
天災救
助基金
農業天然災害救助計畫
108
1,550,730
2,686,475
1,135,745
73.24
110
1,804,516
4,119,531
2,315,015
128.29
漁發
基金
漁業發展補助計畫
110
23,614
32,446
8,832
37.40
農損
基金
產業調整或防範措施計畫
108
1,793,556
2,598,686
805,130
44.89
110
1,773,210
2,281,333
508,123
28.66
對地綠色環境給付計畫
109
8,792,024
10,684,373
1,892,349
21.52
110
8,625,459
11,140,516
2,515,057
29.16
農再
基金
農村再生規劃及人力培育計畫
108
1,246,062
1,275,421
29,359
2.36
農村再生建設及發展計畫
108
7,593,938
8,789,722
1,195,784
15.75
109
9,411,824
12,780,592
3,368,768
35.79
110
9,626,900
10,562,464
935,564
9.72
說 明：「農漁民子女助學金計畫」原為「農漁民子女就學獎助學金計畫」。
資料來源：農業特別收入基金歷年預、決算書。
綜上，農業特別收入基金為政事型特種基金，應衡酌財務資源可能流入情形，本量入為出原則規劃及執行年度預算，且其基金財源以國庫撥款為主，基金用途應以不超過預算為原則，惟近年業務計畫超支金額龐鉅，且部分業務計畫常態性超支併決算辦理，金額及超支比率偏高，允宜確實檢討，核實編列預算，並嚴謹控管計畫之執行。