農業特別收入基金112年度基金來源預算數428億8,202萬2千元，基金用途600億5,136萬4千元，收支相抵後，預計短絀171億6,934萬2千元，較111年度預算短絀82億6,541萬元，短絀增加89億393萬2千元(增幅1.08倍) 。經查：
(一)特別收入基金預算編列及執行相關規範
1.預算法第4 條第1 項第2 款第5 目規定，有特定收入來源而供特殊用途者，為特別收入基金。
2.附屬單位預算執行要點第4 點第4項規定，政事基金應在法律或政府指定之財源範圍內，妥善規劃整體財務資源，加強財務控管，並設法提升資源之使用效率，以達成基金之設置目的及年度施政目標。
3.中央政府非營業特種基金裁撤機制辦法第4 條規定，特別收入基金、資本計畫基金之基金餘額為負數，或不含短期債務之可用資金不足者，應加強財務控管；如無新增適足財源，其支出不得超出年度預算總額，並由主管機關提出改善計畫，進行專案輔導改善。
(二)109年度國庫撥足農村再生基金法定撥補額度後，農業特別收入基金自110年起發生短絀，且112年度預算短絀大幅增加
國庫於100至109年度依農村再生條例規定撥足農再基金之法定撥補金額1,500億元後，自110年度起不再撥補，僅按業務需求撥補農發基金、天災救助基金及農損基金以推動農業措施，農業特別收入基金之基金來源銳減，110年度決算短絀達107億6,940萬9千元，且111及112年度預算案均預計短絀，又112年度預算短絀較111年度預算短絀增加1.08倍，基金餘額逐年縮減，預計至112年底基金餘額為621億7,345萬7千元，較109年度減少362.04億元（詳表1）。
表1 農業特別收入基金108至112年度基金收支餘絀明細表
單位：新臺幣千元；%
項目
108年度
決算數
109年度
決算數
110年度
決算數
111年度
預算案數
112年度
預算案數
基金來源
54,621,151
68,876,466
41,022,432
43,296,849
42,882,022
基金用途
48,149,681
52,277,492
51,791,841
51,562,259
60,051,364
本期賸餘（短絀）
6,471,470
16,598,974
-10,769,409
-8,265,410
-17,169,342
期初基金餘額
75,307,174
81,788,644
98,377,618
92,654,586
79,342,799
期末基金餘額
81,778,644
98,377,618
87,608,209
84,389,176
62,173,457
資料來源：農業特別收入基金歷年預、決算書。
(三)部分分基金因連年短絀致基金餘額為負數或發生可用資金不足情形，允宜加強財務管理
檢視108至110年度農業特別收入基金各分基金之基金來源、用途及餘絀情形（詳表2），其中天災救助基金、農損基金及農再基金等3 個分基金，政府公庫撥款收入占基金來源比率逾9 成，農發基金亦逾6成，均高度仰賴國庫撥款挹注，缺乏國庫撥款以外之適足財源，又農發基金、天災救助基金、漁發基金及農損基金之基金來源無法支應各項業務計畫所需經費，近年多次發生短絀，基金餘額逐年縮減，其中農發基金108及109年底基金餘額降為負數，110年度因公庫撥款收入增加始轉為正值，另天災救助基金110年底基金餘額亦呈負值，且該基金之現金（銀行存款）加計短期可變現資產，尚不足以償還短期借款。允宜督促檢討妥善規劃基金整體財務資源，或可研議增加公庫撥補以外之適足財源，並強化財務管理，俾利基金永續經營。
表2 農業特別收入基金108年度至110年度基金來源、用途及餘絀情形明細表 單位：新臺幣千元
分基金別
年度
基金來源
基金
用途
本期賸餘
(短絀-)
期末基金
餘額
公庫撥款收入
其他
合計
農發
基金
108
9,295,127
5,993,170
15,288,297
22,688,288
-7,399,991
-2,377,155
109
15,802,730
7,304,558
23,107,288
23,277,520
-170,231
-2,547,386
110
17,243,979
6,839,231
24,083,210
19,810,085
4,273,125
1,725,739
林務
基金
108
-
2,158,768
2,158,768
1,334,563
824,205
8,057,146
109
-
1,740,772
1,740,772
1,414,878
325,894
8,383,041
110
-
1,553,048
1,553,048
2,357,066
-804,018
7,579,022
天災救助基金
108
2,511,168
2,460
2,513,628
2,686,475
-172,846
69,462
109
1,804,516
2,008
1,806,524
686,433
1,120,091
1,189,554
110
2,311,579
2,558
2,314,137
4,119,531
-1,805,394
-615,840
漁發
基金
108
0
893
893
20,241
-19,348
200,842
109
0
595
595
15,581
-14,986
185,857
110
0
458
458
32,446
-31,988
153,869
農損
基金
108
8,615,930
873,291
9,489,221
11,354,971
-1,865,750
48,192
109
13,548,947
908,072
14,457,019
12,695,208
1,761,811
1,810,003
110
11,853,090
1,127,356
12,980,446
13,472,655
-492,209
1,317,793
農再
基金
108
25,116,162
54,180
25,170,342
10,065,142
15,105,200
75,780,157
109
27,646,180
118,087
27,764,267
14,187,873
13,576,394
89,356,551
110
0
91,132
91,132
12,000,057
-11,908,925
77,447,625
資料來源：農業特別收入基金歷年決算書。
綜上，農業特別收入基金112年度預計短絀較111年度短絀增加1.08倍，且近年農發基金、天災救助基金、漁發基金及農損基金因基金來源無法支應業務計畫所需經費，屢次發生短絀，甚至導致部分分基金淨值降為負數或可用資金不足，允宜妥善規劃整體財務資源，並加強財務管理，俾利基金永續經營。