農糧署112年度預算案於「農糧管理-農業資材管理」計畫編列3億7,301萬元，其中「建構高效智慧化農糧產品安全管理體系計畫」辦理蔬果農藥殘留監測管制，執行違規案件依法查處等業務。
據農糧署統計近年學校午餐生鮮蔬果食材農藥殘留抽驗情形，110年度實際抽驗3,051件，不合格90件，不合格率2.95%較109年度3.49%降低(詳表1)，其中部分縣市110年度抽驗件數較109年度減幅較大，例如基隆市110年抽驗34件較109年45件減少24.44%、臺南市110年抽驗248件較109年298件減少16.78%，以及彰化縣110年抽驗178件較109年212件減少16.04%；而抽驗件數增幅較多者為高雄市(增幅9.79%)及花蓮縣(增幅6.76%)。
另110年度抽驗不合格率以新竹縣10.42%最高，且較109年度8.16%為高，其次為南投縣8.40%，其餘縣市未超過6%。至於111年截至7月抽驗不合格比率以花蓮縣7.41%最高，其次為嘉義市7.14%。對學校午餐生鮮蔬果食材農藥殘留抽驗之採樣場所多為學校廚房、集貨場或田間，抽驗不合格原因主要係採樣蔬果農藥殘留種類較多或超標較高，恐影響學童健康。
綜上，農糧署112年度預算案於「農糧管理-農業資材管理」計畫編列3億7,301萬元，辦理蔬果農藥殘留監測管制等業務，近年校園午餐蔬果食材農藥殘留抽驗不合格率雖逐年下降，惟部分縣市抽驗件數較少、不合格率高、採樣品項殘留農藥多等情事，允宜加強督導各地方政府輔導農民按農藥標示記載之使用方法及其範圍施藥，以確保校園午餐食材安全，守護孩童健康。
表1 近年學校午餐生鮮蔬果食材農藥殘留抽驗統計 單位：件；%
縣市別
109年度
110年度
111年截至7月抽驗不合格比率
抽驗件數
不合格件數
不合格比率
抽驗件數
不合格件數
不合格比率
新北市
351
-
-
351
5
1.42%
-
臺北市
224
3
1.34%
200
1
0.50%
5.26%
桃園市
271
11
4.06%
270
7
2.59%
3.88%
臺中市
337
20
5.93%
335
10
2.99%
5.88%
臺南市
298
-
-
248
1
0.40%
1.01%
高雄市
327
13
3.98%
359
9
2.51%
2.15%
新竹縣
98
8
8.16%
96
10
10.42%
5.88%
苗栗縣
98
8
8.16%
102
3
2.94%
1.82%
彰化縣
212
5
2.36%
178
10
5.62%
1.43%
南投縣
139
16
11.51%
131
11
8.40%
4.84%
雲林縣
122
2
1.64%
118
7
5.93%
4.11%
嘉義縣
97
1
1.03%
93
2
2.15%
2.04%
屏東縣
149
5
3.36%
148
7
4.73%
2.27%
宜蘭縣
77
4
5.19%
75
1
1.33%
5.56%
花蓮縣
74
1
1.35%
79
2
2.53%
7.41%
臺東縣
61
6
9.84%
62
2
3.23%
-
澎湖縣
27
3
11.11%
27
-
-
-
金門縣
33
2
6.06%
35
1
2.86%
-
連江縣
8
-
-
7
-
-
-
基隆市
45
-
-
34
1
2.94%
-
新竹市
74
2
2.70%
70
-
-
-
嘉義市
32
-
-
33
-
-
7.14%
總計
3,154
110
3.49%
3,051
90
2.95%
2.64%
資料來源：農糧署。