外交部112年度預算案於「一般行政」業務計畫項下之「檔案處理」分支計畫編列2,794萬6千元辦理公文歸檔、清理、解降密系統註記等檔案管理工作。該部保存清朝末年以來之大量外交檔案，為研究近代、現代中外關係最豐富及完整庫藏，亦為國家重要資產，然該部對於檔案管理容有未盡妥適之處。說明如下：
(一)該部前供中央研究院近代史研究所運用之檔案部分仍未完成回溯編目建檔作業
據外交部說明，該部現有檔案除清末民初史料係寄存於國立故宮博物院、中央研究院近代史研究所等處外，較近代之檔案資料則由該部存管，截至111年8月底止，該部計有北投、汐止及本部等3處檔案庫房，各檔案庫房面積合計約1,334.67坪，檔案架可存放空間容量合計約27萬958册，截至111年8月9日止實際存放於檔案庫房之檔案（包含以裝箱方式保存之外交部國際傳播司（前行政院新聞局）移入檔案，及前供中央研究院近代史研究所運用，目前已歸還置放於汐止檔庫惟尚未上架之檔案）則計約27萬3,075冊（詳表1）。據外交部說明，該部北投檔案大樓興建工程預計於113年度落成啟用，為配合該大樓空間規劃，自110年度起陸續進行清查存管之檔案，截至111年8月底止，共已完成清查123萬880件檔案，另有382萬5,293件尚未清查，未完成清查之檔案逾7成（詳表2）。
政府為健全政府機關檔案管理，於88年12月15日制定公布檔案法並於91年1月1日施行，依據檔案法施行細則第12條規定：「各機關對於本法施行前未屆滿保存年限之檔案，應辦理回溯編目建檔。前項檔案屬永久保存者，應於本法施行後5年內完成；屬定期保存者，應於本法施行後7年完成。」按上開規定屬永久保存者，應於96年1月1日前完成回溯編目建檔，屬定期保存者應於98年1月1日前完成回溯編目建檔。然該部前提供中央研究院近代史研究所運用之檔案5萬84冊，雖已於108年歸還置於汐止檔案庫房，惟截至111年8月底止僅完成3萬481冊檔案之回溯編目作業，尚有1萬9,603冊檔案未辦理完成，核與上開規定未合，亟待檢討積極辦理。
表1 外交部截至111年8月9日止檔案存放情形 單位：坪；冊
項 目
庫房名稱
面積
可存放容量
已存放檔案
機密
普通
合計
北投
514.00
100,000
51,886
44,539
96,455
汐止
804.00
164,000
55,703
4,490
60,193
說明
110,000
外交部本部
16.67
6,958
6,457
-
6,457
總計
1,334.67
270,958
說明
273,075
說 明：外交部國際傳播司(前行政院新聞局)移入之檔案係裝箱存管；另前供中央研究院近代史研究所運用，目前已歸還置放於汐止檔庫惟尚待清查辦理回溯編目建檔之檔案，據外交部說明約1萬9,603册尚未上架。
資料來源：外交部提供。
表2 外交部截至111年8月底止各庫房檔案清查情形 單位：件
存放檔庫名稱
已完成清查
尚未清查
合計
110年
111年
小計
北投
397,252
434,848
832,100
1,293,721
2,125,821
汐止
33,556
3,592
37,148
290,080
327,228
外交部本部
-
-
-
2,126,548
2,126,548
置於行政院部分
361,632
-
361,632
114,944
476,576
合計
792,440
438,440
1,230,880
3,825,293
5,056,173
說 明：1.111年度係截至8月底止之實際數量。
2.原置於行政院部分業於111年5月31日移入汐止檔庫。
資料來源：外交部提供，本中心整理。
(二)92年度以前之機密檔案逾9成尚未依規定重新核定
為建立國家機密保護制度，於92年2月6日制定公布國家機密保護法並於同年10月1日施行，有關國家機密保密期限規定於該法第39條：「本法施行前，依其他法令核定之國家機密，應於本法施行後2年內，依本法重新核定，其保密期限溯自原先核定之日起算；屆滿2年尚未重新核定者，自屆滿之日起，視為解除機密，依第31條規定辦理。」亦即機密檔案應於94年10月1日前重新核定，未重新核定者，自94年10月1日起，視為解除機密。然截至111年8月底止，外交部保管之機密檔案中，屬92年度以前者計4萬1,793冊，僅2,201冊已完成重新核定，餘3萬9,592冊已逾重新核定規定期限16年餘，仍未重新核定，未依規定完成重新核定之比率高逾9成（詳表3），亟待檢討積極辦理。
表3 外交部截至111年8月底止保管屬國家機密保護法92年施行前核定之機密檔案重新核定情形 單位：冊；%
存放檔庫名稱
機密檔案總數
已重新核定數
未重新核定數
未重新核定比率
北投
30,855
1,129
29,726
96.34
汐止
5,150
113
5,037
97.81
外交部本部
2,518
645
1,873
74.38
原置於行政院部分
3,270
314
2,956
90.40
合計
41,793
2,201
39,592
94.73
說 明：1.111年度係截至8月底止之實際數量。
2.原置於行政院部分業於111年5月31日移入汐止檔庫。
資料來源：外交部提供，本中心整理。
綜上，外交部為集中存管檔案，已辦理北投檔案大樓興建工程，並自110年1月起清查存放各處庫房之檔案，據該部統計，截至111年8月底，尚有382萬5,293件未完成清查，未清查比率高逾7成，且其中不乏有未依檔案法規定辦理回溯編目建檔者；另國家機密保護法92年度施行前核定之機密檔案亦有逾9成未依規定於該法施行後2年內重新核定，允待積極辦理，並加速清理已屆滿保存期限之檔案，俾減省檔案空間及儲存成本，提升資產運用效能。