112年度行政院主計總處預算案「中央總預算核編及執行」工作計畫編列426萬7千元，較111年度增加51萬元(增幅13.57%)，主要係辦理中央政府總預算之審議與編印、預算制度之研究改進及派員實地查核各公務機關預算執行等工作；另「特種基金預算核編及執行」工作計畫編列266萬1千元，與111年度預算數同，工作內容包括研提增進特種基金經營效能之建議、檢討修正附屬單位預算執行要點等相關規定，提升特種基金經費運用效能、加強各特種基金財務控管，落實財政紀律等。按中央政府總預算每年補助特別收入基金金額龐鉅，恐影響政府財政收入之整體運用，謹說明如下：
(一)特別收入基金宜有國庫撥補以外之特定收入來源，本自給自足原則，力求有賸餘無短絀
特別收入基金112年度預算案基金用途3,506億元，較111年度預算數3,109億元，增加397億元(增幅12.7%)；基金來源3,495億元，較111年度預算數3,206億元，增加289億元(增幅9%)，收支相抵後短絀11億元，相較111年度預算賸餘96.9億元，由賸餘轉為短絀。主要業務包括社會福利、經濟發展、教育科學、金融監理及環境保護等。112年度特別收入基金之基金來源以社會福利收入1,328.3億元為最高，占基金來源總額38%，基金用途以社會福利支出1,481萬元最高，占基金用途總額40.5%。
特別收入基金係在可用財源範圍內，完成特定政策目的或支應特定業務，依規定應有國庫撥補以外之特定收入來源，且足供支應其特殊用途，以維持基金運作。亦即特別收入基金係以「專款專用」之作法，運作於推動特定政務目的所設置，其為收支獨立之財務與會計報導個體，自應本自給自足原則，力求有賸餘無短絀。
(二)自109年度起，中央政府每年補助特別收入基金均超逾千億元，112年度預計達1,339億元，另7個特別收入(分)基金連續4年接受國庫撥補收入逾9成，造成政府財政沈重壓力
106至112年度中央政府特別收入基金接受公庫撥款收入總額，介於907億餘元至1,339億餘元之間，呈成長趨勢；占基金來源之比率介於31.61%至39.78%之間，其中各年有10個、8個、9個、9個、8個、9個及11個基金該比率達9成以上，合計接受公庫撥補收入分別為807億餘元、702億餘元、810億餘元、800億餘元、760億餘元、777億餘元及1,096億餘元。其中，行政院國家科學技術發展基金、新住民發展基金、國土永續發展基金、毒品防制基金、農業天然災害救助(分)基金、農產品受進口損害救助(分)基金與家庭暴力及性侵害防治(分)基金等7個(分)基金自109至112年度連續4年接受公庫撥補逾9成(詳表1)。
參據110年度特別收入基金接受公庫撥款收入一覽表，110年度特別收入(分)基金共計53個單位(25個附屬單位預算及28個分預算)，其中有16個(分)基金接受公庫撥補收入，有8個(分)基金高度仰賴國庫財源者(公庫撥款占比逾9成，詳表2)，金額最高者為行政院國家科學技術發展基金之350.4億餘元，花東地區永續發展基金255.82億元居次。鑑於政府每年補助特別收入基金金額龐鉅且呈成長趨勢，且112年度預算案有11個(分)基金高度仰賴國庫撥款收入，尚乏其他特定收入之適足財源，不僅與特別收入基金專款專用及自給自足之原則未盡洽合，且隨著法律義務支出逐年增長，恐影響政府其他重要施政計畫，造成政府財政沈重壓力。
綜上，自109年度起，中央政府每年補助特別收入基金均超逾千億元，112年度預計達1,339億元，有11個(分)基金高度仰賴國庫撥款收入，其中有7個(分)基金自109年度起連續4年接受公庫撥補收入占比超逾9成，除與預算法第4條特別收入基金相關規定未盡相符外，亦影響政府財政統籌調度能力，造成政府財政負擔，允宜檢討落實各該基金應具備國庫撥補以外財源之適足性，俾減輕政府財政負擔，增加可彈性規劃運用資源。
表1 109至112年度特別收入(分)基金接受公庫撥款收入占比逾9成明細表 單位：新臺幣億元；%
附屬單位預算或分預算
109年度
110年度
111年度
112年度
金額
占比
金額
占比
金額
占比
金額
占比
行政院國家科學技術發展基金
348.37
95.74
350.40
95.71
428.95
95.82
412.58
95.64
離島建設基金
--
--
--
--
--
--
9.00
99.58
行政院公營事業民營化基金
--
--
--
--
88.00
96.26
88.00
96.38
花東地區永續發展基金
9.40
95.24
255.82
99.95
--
--
--
--
促進轉型正義基金
--
--
--
--
0.05
100
--
--
新住民發展基金
5.00
99.60
5.00
98.27
5.00
99.77
4.00
99.59
國土永續發展基金
0.92
100
0.92
98.43
94.72
99.9
100
99.7
毒品防制基金
4.71
98.33
4.25
97.32
4.25
100
5.67
99.99
中小企業發展(分)基金
--
--
--
--
--
--
27.12
96.95
農業天然災害救助(分)基金
18.05
99.89
23.12
99.89
17.11
99.98
27.71
99.99
農產品受進口損害救助(分)基金
135.49
93.72
118.53
91.31
136.16
94.15
151.37
94.71
農村再生(分)基金
276.46
99.57
--
--
--
--
--
--
家庭暴力及性侵害防治(分)基金
2.40
97.82
2.35
97.7
3.6
99.17
4.47
99.33
疫苗(分)基金
--
--
--
--
--
--
266.48
91.99
金額合計
800.8
760.38
777.84
1,096.39
說 明：1.本表109及110年度為決算審定數；111及112年度為預算案數。
2.促進轉型正義基金於111年度設立；毒品防制基金係於108年度設立；中小企業發展基金自112年度起由經濟作業基金改隸經濟特別收入基金。
3.農業天然災害救助基金、農產品受進口損害救助基金及農村再生基金係農業特別收入基金之分預算；家庭暴力及性侵害防治基金與疫苗基金係衛生福利特別收入基金之分預算。
4.政府撥入收入含其他政府機關奬補助收入，上表僅計算公庫撥款收入。
資料來源：主計總處。
表2 110年度特別收入基金接受公庫撥款收入一覽表
單位：新臺幣億元；%
附屬單位預算
分預算名稱
公庫撥款
收入
基金
來源
公庫撥款占比
合計
1,045.07
1,484.28
70.41
中央研究院科學研究基金
10.51
39.55
26.58
行政院國家科學技術發展基金
350.40
366.09
95.71
行政院公營事業民營化基金
88.00
98.69
89.17
花東地區永續發展基金
255.82
255.96
99.95
新住民發展基金
5.00
5.09
98.27
國土永續發展基金
0.92
0.93
98.43
毒品防制基金
4.25
4.36
97.32
農業特別收入基金
農業天然災害救助基金
23.12
23.14
99.89
農產品受進口損害救助基金
118.53
129.80
91.31
農業發展基金
172.44
240.83
71.6
就業安定基金
(不含分預算)
1.56
242.49
0.64
就業安定基金
勞工權益基金
0.25
0.43
57.99
衛生福利特別收入
家庭暴力及性侵害防治基金
2.35
2.41
97.7
疫苗基金
10.49
35.75
29.33
社會福利基金
1.00
35.91
2.78
生產事故救濟基金
0.43
2.83
15.25
說 明：110年度審定決算特別收入基金接受公庫撥款收入總額占整體基金來源比率為31.61%。
資料來源：主計總處。