國發會112年度預算案「非營業特種基金-離島建設基金」計畫項下編列9億元，係依「離島建設條例」規定由國庫增撥離島建設基金；另「健全國土規劃及經營管理-國土、區域、離島發展政策與公共建設計畫之審議及協調」計畫編列729萬1千元，辦理業務包含持續推動離島永續發展。經查：
(一)離島建設基金收支及管理相關規定
1.離島建設條例第15條規定：「依本條例所為之離島開發建設，由中央政府編列預算專款支應，若有不足，由離島開發建設基金補足之。」另第16條第1項規定：「為加速離島建設，中央主管機關應設置離島建設基金，基金總額不得低於新臺幣三百億元，基金來源如下：一、中央政府分十年編列預算或指定財源撥入。二、縣（市）主管機關編列預算撥入。三、基金孳息。四、人民或團體之捐助。五、觀光博弈業特許費。六、其他收入。」
2.離島建設基金收支保管及運用辦法第8條規定：「本基金之收支、保管及運用，應設置離島建設基金管理會，置委員11人至15人，其中1人為召集人，由國家發展委員會主任委員擔任，1人為副召集人，由行政院主計總處副主計長擔任；副召集人及其餘委員，由國家發展委員會就相關機關代表及有關人員聘兼之。」
(二)離島建設基金連年短絀，預計至112年底基金餘額僅餘3億8,918萬2千元
依據離島建設條例第16條規定，離島建設基金基金總額不得低於新臺幣300億元，由中央政府分10年編列預算或指定財源撥入，該基金於90年度成立，迄99年度止國庫累計撥入基金已達300億元，100至111年度均未編列預算撥補基金(詳表1)，國發會於111年1月26日召開研商離島建設基金撥補事宜會議決議，依照各離島縣政府實際發展需要，自112年起逐年編列預算撥補離島建設基金，以持續協助離島地區推動相關計畫與建設，112年度預算案該會新增撥補離島建設基金9億元(詳表1)。
表1 歷年國庫撥付離島建設基金明細表 單位:新臺幣千元
年度
以前年度累積撥付
基金數額
國庫撥補款
合計
90
-
3,200,000
3,200,000
91
3,200,000
3,200,000
6,400,000
92
6,400,000
3,200,000
9,600,000
93
9,600,000
3,200,000
12,800,000
94
12,800,000
3,200,000
16,000,000
95
16,000,000
3,200,000
19,200,000
96
19,200,000
3,200,000
22,400,000
97
22,400,000
3,200,000
25,600,000
98
25,600,000
3,200,000
28,800,000
99
28,800,000
1,200,000
30,000,000
100-111
(國庫未撥補)
-
-
112
30,000,000
900,000
30,900,000
資料來源：112年度離島建設基金附屬單位預算案。
依審計部110年決算審核報告，政府為避免非營業特種基金之收入過度仰賴國庫撥補，於108年度公布施行財政紀律法及訂定中央政府非營業特種基金裁撤機制辦法，明定特別收入基金之基金餘額為負數，或不含短期債務之可用資金不足時，應加強財務控管，如無新增適足財源，由主管機關提出改善計畫，進行專案輔導改善，又如上開情形難以改善時，主管機關應報請行政院核准後辦理裁撤事宜。而離島建設基金連年發生短絀，期末基金餘額自100年度之97億4,781萬3千元，逐年遞減至110年度之19億2,668萬7千元（詳表2），預計111及112年底基金餘額分別僅餘7億4,939萬5千元及3億8,918萬2千元，不利基金永續經營，據國發會說明略以，相關補助計畫落實以中央公務預算為主、基金預算為輔之方式辦理，並持續積極推動離島融資計畫，陸續於110及111年走訪澎湖縣、金門縣、連江縣、臺東縣、屏東縣等離島縣府，宣導推廣離島建設基金離島貸款機制。
表2 離島建設基金100年至112年基金來源、用途及餘絀一覽表
單位：新臺幣千元
年度
基金來源
基金用途
本期賸餘(短絀-)
期末基金餘額
100
99,849
1,088,345
-988,497
9,747,813
101
84,511
965,491
-880,980
8,866,832
102
75,014
1,175,673
-1,100,658
7,766,174
103
70,634
892,080
-821,445
6,944,728
104
53,533
509,121
-455,588
6,489,140
105
49,928
664,419
-614,491
5,874,649
106
32,462
719,638
-687,176
5,187,473
107
19,871
806,544
-786,673
4,400,799
108
5,046
759,436
-754,391
3,646,409
109
3,940
718,542
-714,602
2,931,807
110
3,522
1,008,642
-1,005,120
1,926,687
111
6,824
904,420
-897,596
749,395
112
903,760
902,520
1,240
389,182
說 明：110年度以前為決算數，111及112年度為預算案數。
資料來源：離島建設基金歷年預、決算書。
綜上，離島建設基金之收支、保管及運用由離島建設基金管理會辦理，國發會擔任該管理會之召集人及負責聘兼相關委員；國發會112年度預算案「非營業特種基金-離島建設基金」計畫項下新增撥補基金9億元，惟該基金餘額逐年縮減，預計至112年底基金餘額為3億8,918萬2千元，鑑於政府財政資源有限，允宜加強該基金財務控管，並研謀拓展其他收入來源，以利基金永續經營。