經濟部為解決興建於農地上之違章工廠問題，自99年6月2日起三度修正工廠管理輔導法，自109年3月20日修法後，採取「不准新增、全面納管、就地輔導」原則辦理。工業局依上開政策方向推動未登記工廠管理輔導工作，並完備相關子法及配套措施、掌握未登記工廠資訊、推動管理輔導工作、落實資訊公開及建立監督考核機制等。
依109年3月20日實施之新修訂工廠管理輔導法第28條之5規定，既有低污染未登記工廠應於2年內申請納管，並於3年內提出工廠改善計畫，完成改善後可取得特定工廠登記、合法化。爰此逾111年3月19日納管期限未申請納管之既有低污染未登記工廠，依法應停止供電、供水。
詢據工業局資料，截至111年8月底，已清查既有低污染未登記工廠家數3萬7,877家，期限內申請納管者3萬2,547家，仍有5,330家逾期限內未申請納管，占既有低污染未登記工廠家數之14.07%(有關各縣市納管情形詳表1)；工業局說明，因確屬未申請納管之既有未登記工廠，量體龐大，已函請地方政府加速辦理查處作業。
據審計部110年度中央政府總決算審核報告就工業局辦理未登記工廠管理輔導工作，仍無法確切掌握未登記工廠納管名單，並就該局未確實完成未登記工廠之造冊列管，無法掌握勘查及裁處之名單，影響後續依法停止供水供電及拆除作業之執行，提出審核意見；詢據工業局回復，對於執行比率較低之地方政府，將函請說明原因及後續相關查處排程計畫，增加公布業者資訊，並列入年度督導重點評比項目等，促使地方政府積極推動查處作業。
綜上，截至111年8月底止，既有低污染未登記工廠逾期仍未提出納管申請計5,330家，為健全未登記工廠之管理輔導機制，降低逾期未提出納管申請業者可能引發之潛在威脅，允宜積極督導地方政府加速盤點與查處作業，完備未登記工廠之管理，以符法制。
表1 111年8月底各市縣已清查低污染既有未登記工廠納管情形彙整表 單位：家；%
縣市
名稱
已清查既有低污染未登記工廠家數
業者已提出納管申請家數
納管比率
業者逾期未提出納管申請家數
臺北市
19
19
100.00
0
高雄市
4,012
3,364
83.85
648
新北市
5,312
4,139
77.92
1,173
基隆市
11
11
100.00
0
桃園市
4,071
3,114
76.49
957
新竹縣
617
614
99.51
3
新竹市
221
215
97.29
6
苗栗縣
965
596
61.76
369
臺中市
8,733
8,319
95.26
414
彰化縣
7,302
6,677
91.44
625
南投縣
470
405
86.17
65
雲林縣
737
605
82.09
132
嘉義縣
824
653
79.25
171
嘉義市
231
223
96.54
8
臺南市
3,135
2,686
85.68
449
屏東縣
687
400
58.22
287
臺東縣
32
32
100.00
0
花蓮縣
194
171
88.14
23
澎湖縣
35
35
100.00
0
宜蘭縣
245
245
100.00
0
金門縣
24
24
100.00
0
連江縣
0
0
0
0
合計
37,877
32,547
85.93
5,330
資料來源：工業局提供。