農委會112年度預算案「農業發展」計畫編列補助農業特別收入基金341億3,843萬1千元，較111年度預算數減少1億218萬2千元(減幅0.30%)。經查：
(一)農業特別收入基金下設6個分基金，108至110年度國庫平均每年撥款補助452.5億元
農業特別收入基金下設農業發展基金(以下簡稱農發基金)、林務發展及造林基金、農業天然災害救助基金(以下簡稱天災救助基金)、漁業發展基金、農產品受進口損害救助基金(以下簡稱農損基金)及農村再生基金(以下簡稱農再基金)等6個分基金，其中農發基金、天災救助基金及農損基金分別依農業發展條例第54條第1項、第60條、第52條第3項及第4項設置；農再基金依農村再生條例第7條第1項設置，爰國庫依法每年撥款挹注該等基金；迄110年底國庫累計撥予農發基金3,086.17億元、農損基金1,971.77億元、農再基金1,500.02億元，均已依各該條例撥足法定撥補金額。
以國庫撥充農業特別收入基金概況觀之(詳表1)，108至110年度國庫撥款決算數介於314.09億元至588.02億元間，3年合計撥款1,357.49億元，平均每年約452.5億元，金額頗鉅，且每年度決算數均超逾預算數，除108及110年度因農業受災情況嚴重，由農委會及所屬機關依災害防救法移緩濟急調整支應及由行政院動支災害準備金撥付天災救助基金所需救助經費不足數外，主要係因應109年度旱災辦理停灌補償及109與110年度對地綠色環境給付計畫實施農業環境基本給付措施，動支第二預備金支應農損基金所需經費，致國庫撥款增加。
表1 108至112年度國庫撥充農業特收基金概況表 單位：新臺幣千元
基金別
108年度
109年度
110年度
111年度
預算數
112年度
預算案
預算數
決算數
預算數
決算數
預算數
決算數
農業發展基金
9,295,127
9,295,127
15,324,517
15,802,730
16,784,694
17,243,979
18,913,959
16,230,530
林務發展及造林基金
0
0
0
0
0
0
0
0
農業天然災害救助基金
1,620,349
2,511,168
1,804,516
1,804,516
1,804,516
2,311,579
1,710,762
2,771,045
漁業發展基金
0
0
0
0
0
0
0
農產品受進口損害救助基金
8,615,930
8,615,930
10,037,937
13,548,947
9,629,603
11,853,090
13,615,892
15,136,856
農村再生基金
25,114,206
25,116,162
27,646,181
27,646,180
0
0
0
0
合 計
44,645,612
45,538,387
54,813,151
58,802,373
28,218,813
31,408,648
34,240,613
34,138,431
資料來源：農委會111及112年度預算書及農業特收基金歷年預、決算書。
(二)112年度撥補農業特收基金341.38億元，其中撥補天災救助基金及農損基金較111年度各增加10.6億元及15.21億元
農委會112年度預算案編列補助農業特收基金341.38億元，包含撥予農發基金162.31億元、天災救助基金27.71億元及農損基金151.37億元，總計較111年度預算342.41億元減少1.02億元，其中撥付農發基金減少26.83億元，據說明主要係糧政業務計畫撥補數按實際需要減列；另撥補天災救助基金增加10.6億元係為彌平110年度資金缺口，歸墊向農村再生基金調度資金；至增撥農損基金15.21億元主要係辦理因應貿易開放養豬產業轉型升級計畫及綠色環境給付計畫等所致。
綜上，國庫110至112年度賡續編列預算撥補農發基金、天災救助基金及農損基金推動各項農業措施，期達調整農業產業結構、穩定農業產銷、確保農業永續發展、增進農民所得及福利等目標；惟農發基金「糧政業務計畫」因辦理稻穀保價收購，連年負擔百億餘元公糧收購支出，排擠其他計畫預算額度，而天災救助基金則因連年超支，110年底基金餘額已呈負值，致須調度資金因應，另農損基金自107至110年度實施「對地綠色環境給付計畫」，期可減輕政府辦理稻穀保價收購之財政負擔並提升國內雜糧之自給率，惟推展成效未如預期，111年度起停辦稻作直接給付制度，改以水稻收入保險取代。鑑於我國於110年9月申請加入CPTPP，未來恐因開放市場對國內農業造成衝擊，允宜審慎檢視農業特別收入基金各計畫之妥適性，秉零基預算精神妥為編製預算，以有限資源做最有效率之配置，落實辦理各項對應工作以降低衝擊，俾利達成基金設置目的。