按預算法第4條第1項第2款：「…歲入之供特殊用途者，為特種基金，其種類如左…(五)有特定收入來源而供特殊用途者，為特別收入基金。…。」暨財政紀律法第8條第4項：「中央政府非營業特種基金因情勢變更，或執行績效不彰，或基金設置之目的業已完成，或設立之期限屆滿時，應裁撤之。裁撤機制由行政院另定之。」惟部分特別收入基金仰賴國庫撥款，無特定收入財源，允宜檢討存續；另基金收支短絀者，宜建立隨收隨付制，以改善財務，說明如下：
(一)部分特別收入基金高度仰賴國庫撥款，無獨立特定收入財源，
113年度中央政府總預算案計編列26個特別收入基金(詳表1)，基金來源總計3,465億9,807萬6千元，基金用途總計3,418億2,405萬3千元，收支相抵預計賸餘47億7,402萬3千元，如扣除當年度政府撥入收入1,123億7,186萬9千元(占特別收入基金總來源比率32.42%)，則為短絀數1,075億9,784萬6千元。其中行政院國家科學技術發展基金、離島建設基金、新住民發展基金、國土永續發展基金、私立高級中等以上學校退場基金、毒品防制基金等基金，因欠缺獨立特定收入財源，多仰賴國庫撥款，113年度政府撥入收入占各該基金來源比率均逾90%，與特別收入基金精神未盡相符，容有檢討空間。行政院允宜針對缺乏獨立特定財源且性質類屬普通基金之特別收入基金進行改列或衡酌裁撤，俾符首揭法令規範。
(二)基金收支為短絀者，宜建立隨收隨付制，俾改善財務狀況
前述26個特別收入基金之113年度預算案收支相抵後預計為短絀者計13個，短絀數合計高達296億336萬5千元(詳表2)。該等基金長期累積龐大之短絀，未來極可能須由國庫資金撥補，恐成為政府財政負擔。允宜參考美國部分信託基金設置精神，視基金性質研酌採取「隨收隨付制」（pay-as-you-go system），加強費用控管與使用者付費徵收，以健全基金財源。如以運動發展基金為例，113年度基金來源57億2,262萬7千元，基金用途70億4,150萬9千元，收支相抵短絀13億1,888萬2千元，若依該精神，則須增加運動彩券發行盈餘撥入或減少支出，以維持財務健全；另農業特別收入基金編列113年度基金來源403億2,213萬7千元，基金用途555億2,636萬6千元，收支相抵短絀152億422萬9千元，則須增加收入來源或減少支出以為因應。又91年行政院財政改革委員會委託研究報告指出，應力求特別收入基金自償率之推動，建議基金設立之初即需估算各年度自償率並定期評估其達成率，當其嚴重偏離時，應追究相關責任，如無法自償者，則裁撤該基金；且自償率高低亦為基金設立與否之憑藉，因自償率高低將攸關國庫之最終負擔額度。
綜上，部分特別收入基金缺乏獨立特定收入財源而多仰賴國庫撥款，且性質偏屬公務功能，與預算法第4條特別收入基金相關規定未盡相符，允宜檢討改編列單位預算或衡酌裁撤；另113年度特別收入基金預計短絀者計13個，其短絀數合計逾296億元，恐成為政府財政負擔，故基金管理機制宜研酌建立隨收隨付制，並強化使用者付費徵收與費用控管，以健全基金財務。
表1 113年度特別收入基金來源分析表 單位：新臺幣千元
基金別
基金來源
徵收及依法分配收入
政府撥入收入
政府撥入款占基金來源比重
中央研究院科學研究基金
4,187,759
0
1,271,534
30.36%
行政院國家科學技術發展基金
46,123,139
0
44,243,653
95.93%
離島建設基金
901,522
0
900,000
99.83%
花東地區永續發展基金
6,000
0
0
-
促進轉型正義基金
69,181
0
0
-
新住民發展基金
403,300
0
400,000
99.18%
研發及產業訓儲替代役基金
419,455
407,292
0
-
警察消防海巡移民空勤人員及協勤民力安全基金
4,564
0
0
-
國土永續發展基金
10,147,472
44,640
10,102,832
99.56%
學產基金
859,832
0
0
-
運動發展基金
5,722,627
5,600,000
0
-
私立高級中等以上學校退場基金
200,000
0
200,000
100.00%
毒品防制基金
662,291
206
661,919
99.94%
經濟特別收入基金
25,428,620
14,980,675
9,697,180
38.13%
核能發電後端營運基金
26,771,732
21,669,200
0
-
航港建設基金
9,698,339
6,951,497
0
-
核子事故緊急應變基金
120,592
114,000
0
-
農業特別收入基金
40,322,137
1,154,500
31,211,806
77.39%
就業安定基金
28,487,410
26,959,467
217,676
0.76%
衛生福利特別收入基金
105,061,817
90,180,164
13,051,269
12.42%
環境保護基金
9,791,309
9,149,294
414,000
4.23%
文化發展基金
80,731
76,495
0
-
金融監督管理基金
30,348,278
28,463,989
0
-
通訊傳播監督管理基金
439,156
435,429
0
-
有線廣播電視事業發展基金
286,840
284,394
0
-
反托拉斯基金
53,973
46,694
0
-
合計
346,598,076
206,517,936
112,371,869
32.42%
資料來源：113年度中央政府總預算案「附屬單位預算及綜計表-非營業部分」。
表2 113年度特別收入基金本期短絀者一覽表 單位：新臺幣千元
基金名稱
本期短絀數
1.行政院國家科學技術發展基金
-3,000,000
2.花東地區永續發展基金
-2,700,291
3.促進轉型正義基金
-93,567
4.新住民發展基金
-20,586
5.研發及產業訓儲替代役基金
-14,145
6.警察消防海巡移民空勤人員及協勤民力安全基金
-10,749
7.運動發展基金
-1,318,882
8.毒品防制基金
-21,515
9.航港建設基金
-8,606
10.農業特別收入基金
-15,204,229
11.衛生福利特別收入基金
-7,102,560
12.通訊傳播監督管理基金
-77,203
13.反托拉斯基金
-31,032
合計
-29,603,365
資料來源：113年度中央政府總預算案「附屬單位預算及綜計表-非營業部分」。
（分機：1929 吳昀雲）