製藥工廠基金113年度預算案編列銷貨收入9億1,473萬6千元、銷貨成本5億5,571萬1千元，銷貨成本係依據113年度銷貨數量並參考以前年度及113年度預計成本估算；依該基金113年度成本彙總表與生產成本明細表，自製產品成本及輸入產品成本各為3億309萬1千元及2億7,343萬1千元。經查：
(一)依製藥工廠相關收費要點規定，該廠擬定管制藥品銷售價格後，由食藥署核定公告，並報衛福部備查
管制藥品製藥工廠專責我國第一、二級管制藥品之輸入、輸出、製造及販賣事宜，亦銷售第三級管制藥品。至於該廠管制藥品銷售價格之訂定，係依「衛生福利部食品藥物管理署管制藥品製藥工廠藥品銷售價格及專案輸入管制藥品收費要點」第2點規定：「本署管制藥品製藥工廠為辦理管制藥品之銷售，應擬訂藥品銷售價格，由本署核定公告實施，並報衛生福利部備查；…。」而該廠於擬定銷售價格時係按該廠相關藥價訂定作業標準（下稱藥價訂定標準）規定，先依自製、輸入及委製品項分別計算製造成本，再加計行銷、管理及研發等費用後為銷售總成本，並以銷售總成本加計約2成利潤為銷售藥價。
(二)近5年部分藥品調整健保藥價，且多數藥品調價後利潤介於25%至51%，與藥價訂定標準規範之2成利潤存有落差
該廠銷售藥品除健保用藥以外，亦包含自費用藥，111年度健保用藥共23項，其中10項藥品(管制藥品硫酸嗎啡錠15毫克等)曾於近年(107至112年度7月底)內調整健保藥價，藥價漲幅介於4%至90%(詳表1)。
表1 107年7月底與112年7月底管制藥品售價異動比較情形表
單位：新臺幣元；%
藥品名稱
單位
最近1次異動日期
售價
銷售總成本
(B)
利潤率(A-B)/B
調整前
調整後(A)
漲幅
管制藥品廠硫酸嗎啡錠15毫克
粒
109.5.1
3.3
6.0
81.82
4.3
39.53
管制藥品廠嗎啡長效膜衣錠30毫克
粒
12.5
13.0
4.00
8.6
51.16
管制藥品廠吩坦尼注射液0.05毫克/毫升(2CC)
支
20.0
38.0
90.00
30.2
25.83
磷酸可待因錠15毫克*
粒
2.8
4.5
60.71
3.1
45.16
磷酸可待因錠30毫克*
粒
3.2
5.0
56.25
3.4
47.06
鹽酸配西汀錠50毫克*
粒
14.0
22.5
60.71
16.1
39.75
鹽酸嗎啡注射液10毫克/毫升*
支
20.0
25.0
25.00
19.7
26.90
鹽酸嗎啡注射液20毫克/毫升*
支
21.0
26.0
23.81
20.1
29.35
鹽酸配西汀注射液50毫克/毫升
支
20.0
26.5
32.50
20.8
27.40
磷酸可待因注射液15毫克/毫升
支
111.1.1
20.0
29.0
45.00
22.5
28.89
說 明：1.本表以112年7月31日銷售之品項查填；5年內異動2次者以「*」註記，本表僅表達最近1次異動。
2.本表除磷酸可待因注射液15毫克/毫升為第三級管制藥品外，其餘藥品為第一、二級管制藥品。
資料來源：製藥工廠提供及參考111年度中央政府總決算審核報告。
審計部於111年度中央政府總決算審核報告，曾就製藥工廠之藥價調整提出審核意見，摘述如下：
1.111年底銷售藥品有10項於近5年內調整健保藥價，半數藥品漲幅逾5成，且調價後利潤最低2成5、最高逾5成，與藥價訂定標準規範之2成利潤存有落差。
2.供自費使用之「阿華吩坦尼注射液2毫升」原為輸入品，於111年4月改以自製品，該廠考量收回自製之前期研發成本及薪資、原物料成本增加等因素，維持以較高之輸入品銷售價格核價，核與藥價訂定標準規定未合。
詢據製藥工廠說明，將重新檢視藥價訂定標準，依現況調整行銷、管理及研發等費用比率，另研擬將收回自製產品之前期研發成本納入規範，以符合現行作業。
復檢視該廠所提供112年9月19日修訂後相關藥價訂定作業標準，雖將製藥工廠上開說明納入規範，惟因利潤率並未調整，為避免未來賡續調整藥價後仍產生利潤率超過表定利潤率之情形，允宜周妥銷售總成本之計算方式及相關訂價策略，俾兼顧合理利潤及使用者需求。
綜上，近年管制藥品製藥工廠部分藥品售價之調整與該廠藥價訂定規定未合，允宜檢討改善，俾兼顧合理利潤及用藥者需求。