航港建設基金113年度編列基金來源96億9,833萬9千元，基金用途97億694萬5千元，相抵後短絀860萬6千元。經查：
(一)近年商港服務費收入不敷支應國際商港建設支出
航港建設基金主要用途為國際商港建設支出，而商港服務費收入為航港建設基金支應我國國際商港建設之主要財源。商港服務費自91年1月1日收取，惟102至111年度商港服務費收入均不敷支應國際商港建設支出，且自108年度起專款短絀概呈增加趨勢，至111年度專款短絀達17.71億元；112及113年度專款短絀預計持續增加，分別增為18.28億元及20.39億元，至113年底專款累積短絀為140.66億元(詳表1)，不足部分以其他收入(如港務公司盈餘分配收入等)支應。
表1 102年度起商港服務費收入專款專用情形表 單位：新臺幣千元
年度
商港服務費
收入
國際商港
建設支出
專款年度
賸餘(短絀)
專款累積
賸餘(短絀)
102
4,637,202
6,223,839
-1,586,637
3,958,582
103
4,878,252
5,983,228
-1,104,976
2,853,606
104
4,618,858
6,497,876
-1,879,018
974,588
105
4,660,849
8,071,886
-3,411,037
-2,436,449
106
4,875,161
6,308,277
-1,433,116
-3,869,565
107
5,061,710
5,852,755
-791,045
-4,660,610
108
4,963,848
6,169,328
-1,205,481
-5,866,091
109
4,914,456
6,104,111
-1,189,655
-7,055,746
110
5,238,427
6,611,387
-1,372,960
-8,428,706
111
4,770,393
6,541,512
-1,771,119
-10,199,825
112
4,913,721
6,741,257
-1,827,536
-12,027,361
113
4,885,378
6,924,452
-2,039,074
-14,066,435
說 明：111年度以前為決算數，112及113年度分別為預算數及預算案數。
資料來源：航港局。
(二)113年度基金續編短絀，支出仍近百億元
航港建設基金106年度收支賸餘7.34億元，107至109年度增至13.22億元至14.92億元間，110及111年度因港務公司盈餘分配收入增加，賸餘分別增至19.46億元及28.02億元；惟112及113年度因支出擴增至百億元左右，預計收支短絀分別為3.02億元及860萬6千元，淨現金流出分別為28.14億元及16.56億元，且推估114及115年度現金均仍為淨流出(詳表2)。
表2 106至115年度航港建設基金(預期)收支及現金流概況
單位：新臺幣千元
年度
收入
(基金來源)
支出
(基金用途)
賸餘/短絀
淨現金流入/流出
期末現金
餘額
106
8,799,006
8,064,739
734,267
204,630
16,686,891
107
9,073,945
7,581,628
1,492,317
64,319
16,751,210
108
9,264,433
7,897,969
1,366,464
1,585,883
18,337,093
109
9,355,899
8,034,180
1,321,719
-3,240,781
15,096,312
110
10,385,309
8,439,316
1,945,993
-8,866,580
6,229,732
111
11,613,259
8,811,393
2,801,866
7,213,057
13,442,789
112
9,782,835
10,085,235
-302,400
-2,813,994
10,709,648
113
9,698,339
9,706,945
-8,606
-1,656,386
9,806,248
114
8,755,915
10,406,859
-1,650,944
-2,672,065
7,134,183
115
8,752,136
8,828,945
-76,809
-1,097,930
6,036,253
說 明：1.本表106至111年度為決算數，112及113年度分別為預算數及預算案數，114及115年度以航港局之航港建設基金財務規劃報告(110-120年)「業務能量版」之未來財務預測數字為基礎填列。
2.110年度淨現金流出遽增至88.67億元，係民航事業作業基金因辦理桃園航空城機場園區用地取得計畫及營運需要，於110年12月向航港建設基金調撥借款70億元，業於111年1月還款。
資料來源：航港局。
綜上，航港建設基金主要用途為國際商港建設支出，而商港服務費收入為該基金支應我國國際商港建設之主要財源，惟自102年度起，商港服務費收入均不敷支應國際商港建設支出，且自108年度起商港服務費專款短絀概呈增加趨勢，113年度預計逾20億元；復因該基金112及113年度預計支出均為百億元左右，收支相抵均為短絀，且現金均為淨流出，允宜審酌我國港埠發展情形及航港建設基金之財務狀況，妥為評估各項支出之優先順序，控管各項建設成本，以確保基金財務永續。