113年度預算案「中央總預算核編及執行」業務計畫編列531萬4千元，較112年度增加124萬7千元(增幅30.7%)，主要係辦理中央政府總預算之審議與編印、預算制度之研究改進及派員實地查核各公務機關預算執行等工作；另「特種基金預算核編及執行」業務計畫編列266萬1千元，與112年度預算數同，工作內容包括研提增進特種基金經營效能之建議、檢討修正附屬單位預算執行要點等相關規定，提升特種基金經費運用效能、加強各特種基金財務控管，落實財政紀律等。按中央政府總預算每年補助特別收入基金金額龐鉅，恐影響政府財政收入之整體運用，謹說明如下：
(一)特別收入基金宜有國庫撥補以外之特定收入來源，本自給自足原則，力求有賸餘無短絀
特別收入基金113年度預算案基金來源3,466億元，較112年度預算數3,385億元，增加81億元(增幅2.4%)，基金用途3,418億元，較112年度預算數3,389億元，增加29億元(增幅0.9%)；收支相抵後賸餘48億元，相較112年度預算數短絀4億元，由短絀轉為賸餘。113年度特別收入基金之基金來源如按收入性質區分，可概分為徵收及依法分配收入、政府撥入收入及財產收入等項目，其中以徵收及依法分配收入2,065.2億元為最高，占基金來源總額之59.6%，基金用途以社會福利支出1,412.7億元最高，占基金用途總額之41.3%。
依預算法第4條規定，特別收入基金係有特定收入來源而供特殊用途者；即在可用財源範圍內，完成特定政策目的或支應特定業務，依規定應有國庫撥補以外之特定收入來源，且足供支應其特殊用途，以維持基金運作。亦即特別收入基金係以「專款專用」之作法，運作於推動特定政務目的所設置，其為收支獨立之財務與會計報導個體，應本自給自足原則，力求有賸餘無短絀。
(二)自109年度起中央政府特別收入基金接受公庫撥款收入總額均逾千億元，113年度預計為1,106億元，其中7個特別收入(分)基金連續4年接受公庫撥補逾9成
自109年度起中央政府特別收入基金接受公庫撥款收入總額均逾千億元，金額介於1,045億餘元至1,315億餘元之間，其占基金來源比率介於31.61%至37.82%之間，惟109至113年度各有9個、8個、9個、11個及10個基金該比率達9成以上，合計接受公庫撥補收入分別為800億餘元、760億餘元、1,050億餘元、1,072億餘元及766億餘元。其中行政院國家科學技術發展基金、新住民發展基金、國土永續發展基金、毒品防制基金、農業天然災害救助(分)基金、農產品受進口損害救助(分)基金與家庭暴力及性侵害防治(分)基金等7個(分)基金自110至113年度連續4年接受公庫撥補逾9成(詳表1)。
參據111年度特別收入基金接受公庫撥款收入一覽表，111年度特別收入(分)基金共計54個單位(26個附屬單位預算及28個分預算)，其中有17個(分)基金接受公庫撥補收入，且有9個(分)基金高度仰賴國庫財源者(公庫撥款占比逾9成，詳表2)，金額最高者為行政院國家科學技術發展基金之403.21億元，疫苗基金286.46億元居次。鑑於政府每年補助特別收入基金金額龐鉅且呈成長趨勢，且113年度預算案有10個(分)基金高度仰賴國庫撥款收入，尚乏其他特定收入之適足財源，不僅與特別收入基金專款專用及自給自足之原則未盡洽合，且該10個(分)基金於110至113年度間受撥補收入多呈增長趨勢，恐影響排擠政府其他重要施政計畫，造成政府財政負擔。
(三)特別收入基金超支併決算辦理者眾，部分計畫甚至年年超支，允宜改善
109至111年度特別收入基金因部分業務計畫經費編列不足而將超支併決算辦理者眾，其中新住民發展基金、農業特別收入基金、就業安定基金、衛生福利特別收入基金及金融監督管理基金等多個基金，甚至有同一業務計畫連續3年超支之情事(詳表3)。特別收入基金為政事型特種基金，雖按預算法第89條、第87條第1項及附屬單位預算執行要點第29點等規範意旨，配合業務增減需要隨同調整之收支得併決算辦理，惟允宜審慎應用該項彈性規定。
綜上，自109年度起中央政府特別收入基金接受公庫撥款收入總額均逾千億元，113年度預計為1,106億元，其中10個(分)基金高度仰賴國庫撥款收入，並有7個(分)基金自110年度起連續4年接受公庫撥補收入占比逾9成，除與預算法第4條特別收入基金相關規定意旨未盡相符外，亦影響政府財政統籌調度能力，造成政府財政負擔，允宜持續檢討各該基金應具備國庫撥補以外財源之適足性，增加可彈性規劃運用資源，俾健全基金財務；另109至111年度特別收入基金因部分業務計畫經費編列不足而將超支併決算辦理者眾，允宜研謀改善。
表1 110至113年度特別收入(分)基金接受公庫撥款收入占比逾9成明細表 單位：新臺幣億元；%
附屬單位預算或分預算
110年度
111年度
112年度
113年度
金額
占比
金額
占比
金額
占比
金額
占比
行政院國家科學技術發展基金
350.40
95.71
403.21
96.26
388.79
95.36
442.44
95.93
離島建設基金
--
--
--
--
8.46
99.56
9.00
99.83
行政院公營事業民營化基金
--
--
88.00
93.71
88.00
96.36
--
--
花東地區永續發展基金
255.82
99.95
--
--
--
--
--
--
新住民發展基金
5.00
98.27
5.00
99.30
4.00
99.59
4.00
99.18
國土永續發展基金
0.92
98.43
91.64
99.30
100.00
99.70
101.03
99.56
私立高級中等以上學校退場基金
--
--
--
--
--
--
2.00
100.00
毒品防制基金
4.25
97.32
4.25
99.60
5.67
99.99
6.62
99.94
中小企業發展(分)基金
--
--
--
--
27.12
96.60
27.12
96.71
農業天然災害救助(分)基金
23.12
99.89
32.14
99.82
27.71
99.99
27.10
99.99
農產品受進口損害救助(分)基金
118.53
91.31
136.05
92.16
151.37
94.71
140.58
92.78
家庭暴力及性侵害防治(分)基金
2.35
97.70
3.60
98.42
4.47
99.33
7.10
99.58
疫苗(分)基金
--
--
286.46
91.87
266.48
91.99
--
--
金額合計
760.38
1,050.34
1,072.06
766.98
說 明：1.本表110及111年度為決算審定數；112年度為預算數；113年度為預算案數。
2.毒品防制基金係於108年度設立；中小企業發展(分)基金自112年度起由經濟作業基金改隸經濟特別收入基金；行政院公營事業民營化基金於113年度裁撤。
3.農業天然災害救助(分)基金及農產品受進口損害救助(分)基金係農業特別收入基金之分預算；家庭暴力及性侵害防治(分)基金與疫苗(分)基金係衛生福利特別收入基金之分預算。
4.政府撥入收入含其他政府機關奬補助收入，上表僅計算公庫撥款收入。
資料來源：主計總處。
表2 111年度特別收入基金接受公庫撥款收入一覽表
單位：新臺幣億元；%
附屬單位預算
分預算名稱
公庫撥款
收入
基金
來源
公庫撥款占比
合計
1,295.90
1,800.01
71.99
中央研究院科學研究基金
12.88
41.27
31.22
行政院國家科學技術發展基金
403.21
418.88
96.26
行政院公營事業民營化基金
88.00
93.90
93.71
促進轉型正義基金
0.05
9.55
0.52
新住民發展基金
5.00
5.04
99.30
國土永續發展基金
91.64
92.28
99.30
毒品防制基金
4.25
4.26
99.60
農業特別收入基金
農業天然災害救助基金
32.14
32.19
99.82
農產品受進口損害救助基金
136.05
147.62
92.16
農業發展基金
202.60
272.70
74.29
就業安定基金
(不含分預算)
1.63
248.55
0.66
就業安定基金
勞工權益基金
0.28
0.47
59.61
衛生福利特別收入基金
家庭暴力及性侵害防治基金
3.60
3.66
98.42
疫苗基金
286.46
311.82
91.87
社會福利基金
2.34
36.70
6.38
生產事故救濟基金
0.43
2.84
15.24
環境保護基金
空氣污染防制基金
25.34
78.27
32.37
說 明：111年度審定決算特別收入基金接受公庫撥款收入總額占整體基金來源比率為33.46%。
資料來源：主計總處。
表3 中央政府特別收入基金同一業務計畫連續3(109-111)年度超支併決算辦理情形表 單位：新臺幣千元
基金名稱
業務計畫名稱
年度
預算數
（A）
決算審定數(B)
超支併決算數(B-A)
新住民發展基金
辦理新住民創新服務、人才培力及活化產業發展計畫
109
107,450
130,823
23,373
110
125,750
163,115
37,365
111
138,450
180,598
42,148
農業特別收入基金
產銷調節緊急處理計畫(農業發展基金)
109
158,755
443,695
284,940
110
190,823
343,649
152,826
111
321,954
1,099,885
777,931
綠色環境給付計畫
(農產品受進口損害救助基金)
109
8,792,024
10,648,372
1,892,348
110
8,625,459
11,140,516
2,515,057
111
9,925,561
10,045,542
119,981
就業安定基金
促進國民就業計畫
109
14,776,161
18,326,227
3,550,066
110
28,895,723
29,708,620
812,897
111
28,580,878
29,210,770
629,892
衛生福利特別收入基金
公彩回饋推展社福計畫(社會福利基金)
109
1,424,170
1,471,374
47,204
110
1,451,236
1,491,569
40,333
111
1,377,898
1,438,520
60,622
兒童之家院舍遷建計畫(社會福利基金)
109
20,000
107,677
87,677
110
22,813
90,918
68,105
111
0
1,388
1,388
金融監督管理基金
支應金融業退場處理計畫
109
25,209,194
27,021,142
1,811,948
110
25,997,953
28,960,291
2,962,338
111
26,260,421
32,060,409
5,799,988
資料來源：109至111年度中央政府總決算附屬單位決算及綜計表審核報告(非營業部分)，本中心整理。