農業特別收入基金113年度分別編列基金來源403億2,213萬7千元，基金用途555億2,636萬6千元，收支相抵後，預計短絀152億422萬9千元，較112年度預算短絀171億2.950萬5千元，短絀減少19億2,527萬6千元(減幅11.24%)。經查：
(一)特別收入基金預算編列及執行相關規範
1.預算法第4 條第1 項第2 款第5 目規定，有特定收入來源而供特殊用途者，為特別收入基金。
2.中央政府非營業特種基金裁撤機制辦法第4 條規定，特別收入基金、資本計畫基金之基金餘額為負數，或不含短期債務之可用資金不足者，應加強財務控管；如無新增適足財源，其支出不得超出年度預算總額，並由主管機關提出改善計畫，進行專案輔導改善。
3.附屬單位預算執行要點第4 點第4項規定，政事基金應在法律或政府指定之財源範圍內，妥善規劃整體財務資源，加強財務控管，並設法提升資源之使用效率，以達成基金之設置目的及年度施政目標。
(二)109年度國庫撥足農再基金法定撥補額度後，農業特別收入基金已連續2年短絀，113年度預計短絀數仍高達152.04億元
國庫於100至109年度陸續依農村再生條例規定撥足農再基金之法定撥補金額1,500億元後，自110年度起不再撥補，僅按業務需求撥補農發基金、天災救助基金及農損基金以推動農業措施，農業特別收入基金之基金來源銳減，110及111年度決算短絀分別為107億6,940萬9千元及29億2,094萬9千元，且112及113年度預計短絀數均逾150億元，基金餘額逐年縮減，預計至113年底基金餘額為523億5,352萬6千元，較109年度減少460億2,409萬2千元（詳表1）。
表1 農業特別收入基金109至113年度基金收支餘絀明細表
單位：新臺幣千元
項目
109年度
決算數
110年度
決算數
111年度
決算數
112年度
預算數
113年度
預算案數
基金來源
68,876,466
41,022,432
47,140,114
42,902,022
40,322,137
基金用途
52,277,492
51,791,841
50,061,063
60,031,527
55,526,366
本期賸餘（短絀）
16,598,974
-10,769,409
-2,920,949
-17,129,505
-15,204,229
期初基金餘額
81,778,644
98,377,618
87,608,209
79,366,909
67,557,755
期末基金餘額
98,377,618
87,608,209
84,687,260
62,237,404
52,353,526
資料來源：農業特別收入基金歷年預、決算書。
(三)部分分基金連年短絀致基金餘額逐年銳減，或淨值降為負數且可用資金不足，允宜加強財務管理
檢視109至111年度農業特別收入基金各分基金之基金來源、用途及餘絀決算情形（詳表2），其中天災救助基金、農損基金及農再基金等3 個分基金，政府公庫撥款收入占基金來源比率逾9 成，農發基金亦逾7成，均高度仰賴國庫撥款挹注，缺乏國庫撥款以外之適足財源，又天災救助基金、漁發基金及農再基金之基金來源無法支應各項業務計畫所需經費，近年多次發生短絀，尤其農再基金110及111年度短絀均逾百億元，基金餘額逐年銳減，另天災救助基金110及111年底基金餘額均呈負值，且該基金之現金（銀行存款）加計短期可變現資產，尚不足以償還短期借款。允宜督促檢討妥善規劃基金整體財務資源，或可研議增加公庫撥補以外之適足財源，並強化財務管理，俾利基金永續經營。
表2 農業特別收入基金109至111年度基金來源、用途及餘絀情形明細表 單位：新臺幣千元
分基金別
年度
基金來源
基金
用途
本期賸餘
(短絀-)
期末基金
餘額
公庫撥款收入
其他
合計
農發
基金
109
15,802,730
7,304,558
23,107,288
23,277,520
-170,231
-2,547,386
110
17,243,979
6,839,231
24,083,210
19,810,085
4,273,125
1,725,739
111
20,259,659
7,010,770
27,270,429
22,134,000
5,136,429
6,862,167
林務
基金
109
-
1,740,772
1,740,772
1,414,878
325,894
8,383,041
110
-
1,553,048
1,553,048
2,357,066
-804,018
7,579,022
111
-
1,781,396
1,781,396
1,360,404
420,992
8,000,014
天災救助基金
109
1,804,516
2,008
1,806,524
686,433
1,120,091
1,189,554
110
2,311,579
2,558
2,314,137
4,119,531
-1,805,394
-615,840
111
3,213,762
5,636
3,219,398
3,132,746
86,653
-529,188
漁發
基金
109
0
595
595
15,581
-14,986
185,857
110
0
458
458
32,446
-31,988
153,869
111
0
751
751
14,970
-14,219
139,649
農損
基金
109
13,548,947
908,072
14,457,019
12,695,208
1,761,811
1,810,003
110
11,853,090
1,127,356
12,980,446
13,472,655
-492,209
1,317,794
111
13,605,103
1,156,698
14,761,801
12,854,734
1,907,066
3,224,860
農再
基金
109
27,646,180
118,087
27,764,267
14,187,873
13,576,394
89,356,551
110
0
91,132
91,132
12,000,057
-11,908,925
77,447,625
111
0
106,339
106,339
10,564,209
-10,457,869
66,989,756
資料來源：農業特別收入基金歷年決算書。
綜上，農業特別收入基金110及111年度決算連續2年短絀，且天災救助基金、漁發基金及農再基金等分基金因基金來源無法支應業務計畫所需經費，近年多發生短絀，導致基金餘額銳減或淨值降為負數且可用資金不足，113年度預計短絀數仍高達152.04億元，允宜妥善規劃整體財務資源，並加強財務管理，俾利基金永續經營。