按預算法第4條第1項第2款規定：「…歲入之供特殊用途者，為特種基金，其種類如左…(五)有特定收入來源而供特殊用途者，為特別收入基金。…。」暨財政紀律法第8條第4項規定：「中央政府非營業特種基金因情勢變更，或執行績效不彰，或基金設置之目的業已完成，或設立之期限屆滿時，應裁撤之。裁撤機制由行政院另定之。」惟部分特別收入基金無國庫撥款以外之適足財源，允宜適時檢討存續，而基金收支短絀者，宜建立隨收隨付制，以改善財務；另公務預算增撥特別收入基金時，宜按支出性質劃分經常門及資本門，以符實情，說明如下：
(一)部分特別收入基金高度仰賴國庫撥款，無獨立特定收入財源
114年度中央政府總預算案計編列27個特別收入基金(詳表1)，基金來源總計3,480億4,331萬3千元，基金用途總計3,338億9,716萬9千元，收支相抵預計賸餘141億4,614萬4千元，如扣除當年度政府撥入收入1,237億9,047萬元(占特別收入基金總來源比率35.57%)，則為短絀數1,096億4,432萬6千元。其中行政院國家科學技術發展基金(以下簡稱科發基金)、離島建設基金、新住民發展基金、國土永續發展基金、私立高級中等以上學校退場基金、毒品防制基金等基金，因欠缺獨立特定收入財源，多仰賴國庫撥款，114年度政府撥入收入占各該基金來源比率均逾96%，與特別收入基金精神未盡相符，容有檢討空間。行政院允宜針對缺乏獨立特定財源且性質類屬普通基金之特別收入基金進行改列或研酌裁撤，俾符首揭法令規範。
(二)基金收支為短絀者，宜建立隨收隨付制，俾改善財務狀況
前述27個特別收入基金之114年度預算案收支相抵後預計為短絀者計12個，短絀數合計高達367億4,780萬8千元(詳表2)。該等基金長期累積龐大之短絀，未來極可能須由國庫資金撥補，恐成為政府財政負擔。允宜參考美國部分信託基金設置精神，視基金性質研酌採取「隨收隨付制」（pay-as-you-go system），加強費用控管與使用者付費徵收，以健全基金財源。如以運動發展基金為例，114年度基金來源69億2,500萬元，基金用途83億7,579萬3千元，收支相抵短絀14億5,079萬3千元，若依該精神，則須增加運動彩券發行盈餘撥入或減少支出，以維持財務健全；另農業特別收入基金編列114年度基金來源464億4,509萬1千元，基金用途611億6,167萬6千元，收支相抵短絀147億1,658萬5千元，則須增加農政收入或減少支出以為因應。
(三)增撥基金資金允宜依本院決議，按支出性質明確劃分經常門與資本門
本院審議107至111年度中央政府總預算案關於國家科學及技術委員會(以下簡稱國科會)增撥科發基金全數以「設備及投資－投資」科目入帳並列為資本門，各年均決議須依支出性質明確劃分，以符實際(詳表3)。科發基金為114年度特別收入基金中政府撥入收入最高者，其政府撥入收入為478億4,479萬6千元，國科會補助專題研究計畫雖係透過基金轉撥，其與經濟部補助科技專案計畫本質同為科技發展計畫，係基於其對國家未來整體科技及經濟發展可直接或間接產生效益而予以補助，惟國科會未依補助計畫支出性質，而將挹注科發基金之資金全數列為「設備及投資─投資」，歸類於資本門，妥適性有待斟酌。
綜上，特別收入基金財務管理及運作之良窳，影響政府財政甚鉅，而部分特別收入基金缺乏獨立特定收入財源而多仰賴國庫撥款，且性質偏屬公務功能，與預算法第4條特別收入基金相關規定未盡相符，允宜檢討改編列單位預算或予以裁撤；114年度特別收入基金預計短絀者計12個，其短絀數合計逾367億元，恐成為政府財政負擔，故基金管理機制宜衡酌建立隨收隨付制，並強化使用者付費徵收與費用控管，以健全基金財務。另公務預算增撥特別收入基金時，宜按支出性質劃分經常門及資本門，以符實際。
表1 114年度特別收入基金來源分析表 單位：新臺幣千元
基金別
基金來源
徵收及依法分配收入
政府撥入收入
政府撥入款占基金來源比重
1.中央研究院科學研究基金
4,325,753
0
1,258,745
29.10%
2.行政院國家科學技術發展基金
49,513,880
0
47,844,796
96.63%
3.離島建設基金
901,469
0
900,000
99.84%
4.花東地區永續發展基金
6,000
0
0
-
5.促進轉型正義基金
70,380
0
0
-
6.新住民發展基金
404,210
0
400,000
98.96%
7.研發及產業訓儲替代役基金
316,162
301,894
0
-
8.警察消防海巡移民空勤人員及協勤民力安全基金
5,275
0
0
-
9.國土永續發展基金
10,151,974
4,052
10,102,832
99.52%
10.學產基金
884,472
3,873
0
-
11.運動發展基金
6,925,000
6,639,000
0
-
12.私立高級中等以上學校退場基金
350,000
0
350,000
100.00%
13.毒品防制基金
662,243
168
661,919
99.95%
14.經濟特別收入基金
31,525,062
15,450,969
15,405,180
48.87%
15.核能發電後端營運基金
42,381,857
36,869,839
0
-
16.航港建設基金
9,587,730
6,860,526
0
-
17.核子事故緊急應變基金
121,922
114,000
0
-
18.農業特別收入基金
46,445,091
1,359,500
37,252,739
80.21%
19.就業安定基金
29,801,820
28,277,496
221,676
0.74%
20.衛生福利特別收入基金
99,010,782
87,587,552
8,989,783
9.08%
21.環境保護基金
9,261,985
8,465,126
402,800
4.35%
22.文化發展基金
305,619
270,000
0
-
23.金融監督管理基金
3,969,219
1,509,136
0
-
24.海洋污染防治基金
340,880
340,250
0
-
25.通訊傳播監督管理基金
444,004
439,679
0
-
26.有線廣播電視事業發展基金
275,824
272,937
0
-
27.反托拉斯基金
54,700
46,694
0
-
合計
348,043,313
194,812,691
123,790,470
35.57%
資料來源：114年度中央政府總預算案「附屬單位預算及綜計表-非營業部分」；本中心整理。
表2 114年度特別收入基金本期短絀者一覽表 單位：新臺幣千元
基金名稱
本期短絀數
1.離島建設基金
-2,130
2.花東地區永續發展基金
-2,875,444
3.促進轉型正義基金
-83,295
4.研發及產業訓儲替代役基金
-49,253
5.警察消防海巡移民空勤人員及協勤民力安全基金
-9,015
6.運動發展基金
-1,450,793
7.毒品防制基金
-21,563
8.航港建設基金
-1,223,559
9.農業特別收入基金
-14,716,585
10.衛生福利特別收入基金
-16,235,859
11.通訊傳播監督管理基金
-66,989
12.反托拉斯基金
-13,323
合計
-36,747,808
資料來源：114年度中央政府總預算案「附屬單位預算及綜計表-非營業部分」；本中心整理。
表3 本院有關撥補科發基金經資門劃分決議摘要
決議
內容
107年度中央政府總預算案—科技部決議（二十一）
科技部107年度「國家科學技術發展基金」計畫以「設備及投資-投資」科目增撥科發基金329億8,275萬9千元，且全數列為資本門。科技部挹注科發基金資金，再由科發基金補助專題研究計畫及一般行政管理經費等，其用途多屬一般經常性支出，全數以「設備及投資-投資」科目入帳並列為資本門，未盡允洽。再者，科技部補助專題研究計畫與經濟部補助科技專案計畫，本質同為補助科技研發計畫，卻因透過基金轉撥與否而對經資門歸類標準不同，恐值商榷。要求科技部應依立法院決議重新檢討修正，並參酌經濟部科專計畫依支出性質之經常門、資本門明確劃分，以符實情。
108年度中央政府總預算案—科技部決議(三十七）
…科技部108年度預算案增撥科發基金326億7,353萬2千元，全數列「設備及投資—投資」，屬資本門。…允宜依立法院決議，並參酌經濟部科技專案計畫依支出性質之經常門、資本門明確劃分。
110年度中央政府總預算案—科技部決議(二十二）
…請科技部務必懇切檢討，其增撥科發基金全數列「設備及投資─投資」，屬資本門，建請研議依立法院決議，並參酌經濟部科專計畫，依支出性質明確劃分經常門及資本門，以符實情。
111年度中央政府總預算案—科技部決議(一一七）
…科技部未依補助支出性質歸類，而將行政院國家科學技術發展基金全數歸類為資本門「設備及投資─投資」，妥適性有待斟酌。爰要求科技部依支出性質明確劃分經常門及資本門…。
資料來源：彙總自各年度中央政府總預算案審查總報告。
（分機：1919 傅勤文）