竹科、中科與南科114年度預算案「工商行政」計畫分別編列245萬8千元、2,945萬3千元及362萬5千元，辦理園區事業工商登記營運調查、管理費收取與審查及催收、資訊系統管理維護等業務所需經費。經查：
(一)科學園區事業、金融機構及其他機構依規定需繳納管理費
依科學園區管理費收取辦法規定略以，園區事業應按租用土地或廠房面積計算繳納管理費，若園區事業營業額之千分之1.9超過前述管理費者，改依營業額千分之1.9繳納管理費；金融機構以銷售額萬分之2繳納管理費；其他機構依租用面積採分段累進計費繳納管理費。園區事業繳納管理費係提供向稅捐稽徵機關蓋妥收件章之銷售額與稅額申報書影本，據以計算管理費繳納數額。依園區管理局提供112年度科學園區事業管理費繳納分類情形表，園區事業中有519家係依營業額繳納管理費，占全數930家之55.81%(詳表1)。
表1 112年度科學園區事業管理費繳納分類情形表 單位：家數
承租
繳納類型
竹科
中科
南科
合計
土地
基本費
36
21
21
78
營業額管理費
127
47
53
227
合計
163
68
74
305
廠房
基本費
190
40
81
311
營業額管理費
164
35
36
235
合計
354
75
117
546
土地及廠房
土地基本費
5
3
3
11
廠房基本費
11
0
0
11
營業額管理費
36
9
12
57
合計
52
12
15
79
總計
569
155
206
930
資料來源：國科會。
(二)部份園區事業向稅捐機關申報營業人銷售額迭有補正情形，科學園區管理局以人工抽核部份比率，允宜精進查核方式，俾節省人力
為確保園區管理費收取之正確性，園區管理局每年定期抽核園區事業所送交「營業人銷售額與稅額申報書」等資料，函請主管稽徵機關協助確認銷售額資料，若有銷售額差異（含溢、漏繳）且須補繳管理費之情事者，再請廠商補正。近年為強化管理費收取作業，自110年度起將抽核比率由10%提高至15%，依108至112年度銷售額抽核及查驗結果，竹科及中科不正確比率概呈減少趨勢，竹科由108年度18%降至2.33%，中科由35.71%降至8.33%，惟南科卻由12.5%增至41.94%，亦致112年度查驗不正確比率增至12.06% (詳表2)。據園區管理局表示經洽詢財稅機關，若以資訊系統勾稽方式全面查核尚有資安管理疑慮，且雙方機關均要做資訊管制措施，以及訂定稽核規範及相關查核之資安措施，另因營業機密涉及敏感資料且為常態性質，使用機關應另訂使用財稅資料之管理要點等，考量投入效益有限，仍維持現行園區人工查核作法；惟為節省查核人力，允宜精進查核方式，俾增查核效益。
綜上，現已進入AI科技時代，應積極將AI技術引進公部門，優化政府機關對人民之服務提升行政效能，國科會投入大量資源發展AI人工智慧相關技術研究，促使產業AI化及AI產業化之際，惟掌管全國先進半導體及資通訊產等電子產業發展之園區管理局，仍以人工方式處理行政事務，允宜研議精進查核方式，俾節省人力及增加效益。
表2 108至112年度科學園區調查銷售額抽核及查驗結果
單位：家數；%
園區別
年度
抽核
查驗結果(家數)
比率
家數(A)
正確
不正確
補繳
溢退
合計(B)
比率(B/A)
竹科
108
10
50
41
6
3
9
18.00
109
10
52
47
1
4
5
9.62
110
>15
89
83
4
2
6
6.74
111
>15
90
90
-
-
0
0.00
112
>15
86
84
1
1
2
2.33
中科
108
10
14
9
2
3
5
35.71
109
10
15
10
2
3
5
33.33
110
100
135
120
10
5
15
11.11
111
15
23
20
0
3
3
13.04
112
15
24
22
2
0
2
8.33
南科
109
>10
24
21
3
0
3
12.50
110
15
27
23
2
2
4
14.81
111
15
30
23
6
1
7
23.33
112
15
31
18
9
4
13
41.94
合計
108
10
64
50
8
6
14
21.88
109
-
91
78
6
7
13
14.29
110
15
251
226
16
9
25
9.96
111
15
143
133
6
4
10
6.99
112
15
141
124
12
5
17
12.06
資料來源：國科會。