中研院114年度於「學術研究與人才培育-基本行政工作維持費」一般事務費項下編列申請專利及維護費用5,150萬2千元。經查：
(一)中研院專利費用分攤及研發成果權益收入分配相關規範
中研院為有效管理運用科學研究發展成果及運用訂有中央研究院科學技術研究發展成果歸屬及運用辦法（下稱研發成果歸屬及運用辦法），其中有關專利費用分攤及權益收入分配相關規範摘要如下：
第6條第2項規定：「本院評估該研發成果之利用價值、讓與可能性或其他商品化可能性、經費負擔等因素後，決定提出智慧財產權申請之案件，應以本院為申請人，所需各項費用，由本院負擔為原則。但在有權益收入時，由創作人所屬單位及創作人所屬實驗室，依第7條第4項相關規定共同負擔費用。」
第7條第1項至第4項規定：「屬於本院研發成果權益收入，應以扣除必要之衍生費用後之淨收入，提撥分配百分之20予國庫或資助機關。」、「除前項提撥分配外，創作人、創作人所屬單位或實驗室同意參與並受領權益收入分配者，得依下列方式為之：一、依創作人意願，至多分配淨收入之百分之40。二、依創作人所屬單位及實驗室意願，至多各分配淨收入之百分之10。但因應國家生技研究園區及南部院區發展政策，並經本院同意者，不在此限。」、「本院研發成果之權益收入依前2項提撥分配後所餘者歸屬於本院。」、「前3項所稱權益收入，包括授權金、權利金、價金、股權、材料移轉收入或其他權益；衍生費用之項目（不含專利申請及維護費，主要如匯兌費用），由智財技轉處簽報院長核定。專利申請及維護費用，由本院負擔百分之50，創作人所屬單位及實驗室各負擔百分之25。但所屬單位及實驗室之負擔以依第2項提撥分配後剩餘者為限。」
(二)研發成果權益收入分配前應扣除衍生費用項目未含專利相關費用，致成本未完全收回即分配收益，不符收入費用配合原則
研發成果歸屬及運用辦法第7條第1項至第3項規定，屬於中研院院研發成果之權益收入，應以扣除必要衍生費用後之淨收入，再依規定比例分配。又同辦法第7條第4項規定，衍生費用之項目，由該院智財技轉處簽報院長核定，並明文排除專利申請及維護費用。據審計部指出，實務上研發成果皆係透過取得智慧財產權之方式以維護保障權益，再予授權使用收益，爰專利申請及維護等費用應屬於其必要之成本。且依據收入費用配合原則，當收入實現時，應與其相關之費用併同考量，中研院現行辦法規定，未將專利相關費用列為研發成果權益收入分配前應扣除項目，致成本費用未完全收回即先進行分配，核與收入費用配合原則未符。據中研院表示，已參採審計部建議，將「專利成本列為研發成果權益收入分配前之應扣除項目，並待專利成本完全收回後始進行分配」列入修法考量，刻正(截至113年10月10日)進行修法程序中。
(三)109至112年度創作人單位及實驗室分攤專利相關費用比率，與規定應分攤比率差距甚大
中研院智慧財產權申請所需各項費用，於109年度前全由該院負擔，為有效反應成本，爰修正研發成果歸屬及運用辦法第6條第2項第1款但書規定，在有權益收入時，始由創作人所屬單位及實驗室，依第7條第4項相關規定共同負擔。第7條第4項後段規定，專利申請及維護費用，由院方負擔50%，創作人所屬單位及實驗室各負擔25%，但所屬單位及實驗室之負擔以依第2項提撥分配後剩餘為限。
依中研院提供資料(詳表1)，109至112年度專利申請件數介於100至127件，取得件數介於73至135件。同期間專利申請及維護費用決算數介於4,117萬2千元至5,776萬3千元(詳表2)，然創作人所屬單位及實驗室負擔比率介於0至3.97%，與前述法規25%差距甚大。
表1 中研院109至113年專利申請及獲得統計表 單位：件
年度/項次
109
110
111
112
113年8月底
專利申請件數
國內
27
31
29
15
17
國外
92
87
98
85
58
合計
119
118
127
100
75
取得
件數
國內
27
48
26
29
21
國外
57
87
78
44
31
合計
84
135
104
73
52
說 明：專利申請與取得不一定屬同一年度，致表內同一年取得件數可能高於申請件數。
資料來源：中研院提供。
表2 中研院109至113年專利申請及維護費用統計表
單位：新臺幣千元；%
分攤單位
109度
決算數
110年度決算數
111年度決算數
112年度決算數
113年7月底實現數
中研院
48,389
57,627
53,859
39,539
20,240
創作人所屬單位及實驗室(A)
0
136
439
1,633
528
合計(B)
48,389
57,763
54,298
41,172
20,768
創作人所屬單位及實驗室分擔比率(A/B)
0
0.24
0.81
3.97
2.54
資料來源：中研院提供。
綜上，中研院為合理分攤專利相關費用，訂有創作人所屬單位及實驗室分擔比率，惟實際分比率與規定差距甚大，而現行研發成果權益收入分配前扣除衍生費用項目未含專利相關費用，致成本未完全收回即分配情事，不符收入費用配合原則，允宜積極研謀改善，以完善專利費用分攤及權益收入分配機制。