農業特別收入基金下設農發基金、林務基金、天災救助基金、漁發基金、農損基金及農再基金等6個分基金，114年度預算案預計辦理提升農業經營及發展計畫、農村再生建設及發展計畫等18項業務計畫，基金用途611億6,167萬6千元，較113年度預算數555億2,636萬6千元，增加56億3,531萬元(增幅10.15%)。經查：
(一)預算編列與執行之相關規定
1.預算法第89條規定：「附屬單位預算中，營業基金以外其他特種基金…其預算之編製、審議及執行…準用營業基金之規定。」同法第87條第1項規定：「各編製營業基金預算之機關，…其配合業務增減需要隨同調整之收支，併入決算辦理。」附屬單位預算執行要點第29點亦規定：「政事基金…年度預算執行期間，確須超過法定預算致增加公庫負擔，或因業務需要調整來源用途以外之重大事項，應依程序…專案報由行政院…核定；其餘由中央政府各政事基金自行依有關規定核辦…。均併決算辦理。」
2.114 年度中央政府總預算附屬單位預算編製應行注意事項－非營業部分第一(三)點規定略以，為落實有計畫始有預算之精神，各基金涉及 114年度預算之計畫，應配合預算編製時程儘速完成核定程序，其中計畫須先報院核定或修正者，主管機關均應提前規劃配合預算編製時程，依程序提報行政院核定或修正，並依核定計畫核實編列預算，計畫未經核定者，不得納編預算，並強化計畫與經費編製作業，建立計畫控管機制，當年度必須辦理之計畫，均應配合年度預算編製時程核實估列所需經費，納入年度預算。
3.附屬單位預算執行要點第24點第1款與第3款及第26點第3款規定略以，政事基金應加強財務控管，在可用財源範圍內推動各項業務計畫，其業務計畫如屬多年期者，應有完整規劃及財源支應方案，中央政府特別收入基金之財源以國庫撥款為主者(指公庫撥款收入占基金來源達50%)，基金用途之執行，以不超過預算為原則；年度進行中，已編列預算之業務計畫確因業務需要，致增加經費者，應優先檢討停辦或緩辦不具效益或不具急迫性項目，以於原計畫法定預算總額內調整容納為原則。
(二)部分業務計畫近年多次超支併決算，且超支金額及比率均高
農業特別收入基金屬政事型特種基金，係政府運用特別收入來源，以專款專用方式推動特定政策或業務，爰應衡酌財務資源可能流入情形，規劃辦理符合設置目的之各項計畫與用途，並本量入為出原則編列年度預算及據以執行。以該基金110至114年度基金來源觀之(詳表1)，公庫撥款收入占基金來源之比率介於76.56%至81%間，顯示基金來源主要來自公庫撥款收入，惟110至112年度計有17個業務計畫因預算編列不敷支應所需經費致辦理超支併決算（詳表2），超支總金額分別為88億6,735萬4千元、45億1,267萬1千元及70億966萬元，且其中如農發基金之處理農會漁會信用部計畫、穩定肥料及相關資材供需計畫、產銷調節計畫、農業保險計畫、輔導菸農轉型與檳榔廢園轉作計畫、天災救助基金之農業天然災害救助計畫、農損基金之綠色環境給付計畫及農產品進口管理計畫，近3年內超支2或3年度，且超支金額多逾億元，超支比率由1.21%至2.62倍不等，允宜確實檢討預算編列妥適性並加強經費支用之控管。
表1 農業特別收入基金110至114年度基金來源明細表
單位：新臺幣千元；%
項目
110年度
決算數
111年度
決算數
112年度
決算數
113年度預算案數
114年度
預算案數
基金來源(A)
41,022,432
47,140,114
48,632,413
40,322,137
46,445,091
公庫撥款收入（B）
31,408,648
37,078,524
39,392,878
31,211,806
37,252,739
公庫撥款收入占基金來源之比率(B)/(A)
76.56
78.66
81.00
77.41
80.21
資料來源：農業特別收入基金歷年預、決算書。
表2 農業特別收入基金110至112年度採超支併決算之計畫明細表
單位：新臺幣千元；%
分基金別
業務計畫名稱
年度
預算數
(A)
決算數
（B）
超支併決算數
(C)=(B)-(A)
超支比率
(D)=(C)/(A)
農發
基金
農業貸款利息差額補貼計畫
110
2,448,162
2,586,816
138,654
5.66
處理農會漁會信用部計畫
111
40,054
65,529
25,475
63.60
112
55,993
92,802
36,809
65.74
糧政業務計畫
110
12,706,347
14,081,694
1,375,347
10.82
穩定肥料及相關資材供需計畫
111
1,054,613
2,905,439
1,850,826
175.50
112
1,053,863
3,816,680
2,762,817
262.16
產銷調節計畫
110
190,823
343,649
152,826
80.09
111
321,954
1,099,885
777,931
241.63
112
501,204
1,448,612
947,408
189.03
獎勵農漁民子女就學計畫
110
1,024,030
1,065,667
41,637
4.07
農業保險計畫
110
344,930
415,905
70,975
20.58
111
627,530
858,976
231,446
36.88
輔導菸農轉型與檳榔廢園轉作計畫
110
27,000
47,499
20,499
75.92
111
12,000
14,882
2,882
24.02
林務
基金
森林遊樂及林業鐵路經營管理計畫
110
1,195,786
1,980,611
784,825
65.63
原住民保留地竹林更新獎勵計畫
112
0
5,132
5,132
-
天災救
助基金
農業天然災害救助計畫
110
1,804,516
4,119,531
2,315,015
128.29
111
1,750,637
3,132,746
1,382,109
78.95
112
1,711,062
3,595,295
1,884,233
110.12
漁發
基金
漁業發展補助計畫
110
23,614
32,446
8,832
37.40
農損
基金
調整產業或防範措施計畫
110
1,773,210
2,281,333
508,123
28.66
綠色環境給付計畫
110
8,625,459
11,140,516
2,515,057
29.16
111
9,925,561
10,045,542
119,981
1.21
112
10,509,716
11,880,092
1,370,376
13.04
農產品進口管理計畫
111
50,841
51,552
712
1.40
112
50,841
53,726
2,885
5.67
農再
基金
農村再生規劃及人力培育計畫
111
1,553,289
1,674,599
121,310
7.81
農村再生建設及發展計畫
110
9,626,900
10,562,464
935,564
9.72
110年度超支計畫合計
39,790,777
48,658,131
8,867,354
22.28
111年度超支計畫合計
15,336,479
19,849,150
4,512,671
29.42
112年度超支計畫合計
13,882,679
20,892,339
7,009,660
50.49
說 明：本表所列計畫名稱為114年度預算案所列名稱。「產銷調節計畫」原為「產銷調節緊急處裡計畫」；「獎勵農漁民子女就學計畫」原為「農漁民子女助學金計畫」；「輔導菸農轉型與檳榔廢園轉作計畫」原為「輔導菸農轉型計畫」；「綠色環境給付計畫」原為「對地綠色環境給付計畫」；110年度農業保險計畫包含「精進家畜保險業務計畫」及「家禽禽流感保險試辦計畫」。
資料來源：農業特別收入基金歷年預、決算書。
綜上，農業特別收入基金為政事型特種基金，應衡酌財務資源可能流入情形，本量入為出原則規劃及執行年度預算，且其基金財源以國庫撥款為主，基金用途應以不超過預算為原則，惟110至112年度部分業務計畫常態性辦理超支併決算，超支金額及比率均高，允宜核實檢討業務計畫規劃及預算編列之妥適性，並加強控管經費之執行。