主計總處115年度預算案「中央總預算核編及執行」計畫編列531萬4千元，較114年度預算數增加32萬元，主要係辦理中央政府總預算之審議與編印、預算制度之研究改進及派員實地查核各公務機關預算執行等工作；另「特種基金預算核編及執行」計畫編列274萬9千元，較114年度預算數增加20萬元，工作內容包括訂頒116年度中央政府總預算附屬單位預算編製辦法、修正附屬單位預算執行要點等相關規定，預期成果則包括促使各機關加強特種基金預算管理，以提升特種基金營運效能等。按中央政府總預算每年補助特別收入基金金額龐鉅，影響政府財政資源之統籌調度，謹說明如下：
(一)特別收入基金宜有政府既有或國庫撥補以外之適足收入來源，本自給自足原則，力求賸餘避免短絀
依主計總處提供資料，特別收入基金115年度預算案基金來源3,677億元，較114年度預算案數3,480億元，增加197億元(增幅5.66%)；基金用途3,764億元，較114年度預算案數3,339億元，增加425億元(增幅12.73%)；收支相抵後短絀87億元，由114年度預算案賸餘141億元轉為短絀。115年度特別收入基金之基金來源如按收入性質區分，可概分為徵收及依法分配收入、政府撥入收入等項目，其中以徵收及依法分配收入2,016億元為最高，占基金來源總額之54.83%，基金用途以社會福利支出1,677億元最高，占基金用途總額之44.55%。
依財政紀律法第8條第1及2項規定略以，非營業特種基金(包括作業基金、債務基金、特別收入基金、資本計畫基金)須依法律或配合重要施政需要，並應具備特(指)定資金來源，始得設立。基金屬新設者，依規定應有政府既有收入或國庫撥補以外新增適足之財源；亦即特別收入基金係以特定收入來源，運作於推動重要施政所設置，具有收支獨立之特性，應本自給自足原則，力求賸餘避免短絀。
(二)中央政府特別收入基金接受公庫撥款收入總額已連續7個年度逾千億元，115年度受撥數為7年來新高，其中7個特別收入(分)基金連續5年接受公庫撥補逾九成
據主計總處提供資料，近7年(109至115年度，以下同)中央政府特別收入基金接受公庫撥款收入總額均逾千億元，金額介於1,045億餘元至1,332億餘元之間，而115年度受撥數1,332億餘元，為近7年新高。另111至115年度每年均有多個特別收入基金接受公庫撥款收入占其基金來源比率逾九成，合計接受公庫撥補收入分別為1,050.35億元、838.24億元、801.25億元、831.33億元及936.27億元；其中行政院國家科學技術發展基金、新住民發展基金、國土永續發展基金、毒品防制基金、農業天然災害救助(分)基金、農產品受進口損害救助(分)基金與家庭暴力及性侵害防治(分)基金等7個(分)基金自111至115年度連續5年接受公庫撥補逾九成(詳表1)。
另參據113年度特別收入基金接受公庫撥款收入一覽表，113年度特別收入(分)基金共計55個單位(26個附屬單位預算及29個分預算)，其中有20個(分)基金接受公庫撥補收入，且有10個(分)基金高度仰賴國庫財源者(公庫撥款占比逾九成，詳表2)，金額最高者為行政院國家科學技術發展基金之425.22億元，公庫撥補占比逾九成六。鑑於政府每年補助特別收入基金金額龐鉅且呈成長趨勢，且115年度預算案有10個(分)基金高度仰賴國庫撥款收入，尚乏其他特定收入之適足財源，不僅與特別收入基金收支獨立及自給自足原則未盡相符，且該10個(分)基金於112至115年度間受撥補收入逾半數呈概增趨勢，恐影響政府其他重要施政計畫，加重財政負擔。
表1 111至115年度特別收入(分)基金接受公庫撥款收入占比逾九成明細表
單位：新臺幣億元；%
附屬單位預算或分預算
111年度
112年度
113年度
114年度
115年度
金額
占比
金額
占比
金額
占比
金額
占比
金額
占比
行政院國家
科學技術
發展基金
403.21
96.26
388.79
96.23
425.22
96.28
478.45
96.63
519.25
97.10
離島建設基金
--
--
8.44
99.83
8.66
99.88
9.00
99.84
9.00
99.86
行政院公營事業民營化基金
88.00
93.71
88.00
97.43
--
--
--
--
--
--
新住民
發展基金
5.00
99.30
4.00
98.09
4.00
98.28
4.00
98.96
4.00
98.91
國土永續
發展基金
91.64
99.30
100.00
99.50
101.03
99.48
101.03
99.52
101.03
99.52
私立高級中等以上學校
退場基金
--
--
--
--
1.92
97.46
3.50
100.00
--
--
毒品防制基金
4.25
99.60
5.67
98.63
6.62
96.93
6.62
99.95
6.62
99.94
中小企業發展(分)基金
--
--
27.12
96.47
27.12
94.76
21.00
95.45
32.45
95.91
農業天然災害救助(分)基金
32.14
99.82
51.81
99.81
81.95
99.84
39.61
99.97
62.14
99.98
農產品受進口損害救助(分)基金
136.05
92.16
159.94
93.61
137.63
93.59
158.92
93.36
151.82
94.33
農村再生
(分基金)
--
--
--
--
--
--
--
--
29.03
99.66
家庭暴力及性侵害防治(分)基金
3.60
98.42
4.47
96.22
7.10
97.39
9.20
99.67
20.93
99.86
疫苗(分)基金
286.46
91.87
--
--
--
--
--
--
--
--
金額合計
1,050.35
838.24
801.25
831.33
936.27
說 明：1.本表111至113年度為決算審定數；114及115年度為預算案數。
2.中小企業發展基金自112年度起由經濟作業基金項下分預算改隸經濟特別收入基金項下分預算；行政院公營事業民營化基金於113年度裁撤。
3.農業天然災害救助基金、農產品受進口損害救助基金及農村再生基金係農業特別收入基金之分預算；家庭暴力及性侵害防治基金及疫苗基金係衛生福利特別收入基金之分預算。
4.政府撥入收入含其他政府機關奬補助收入，本表僅計算公庫撥款收入。
資料來源：主計總處。
表2 113年度特別收入基金接受公庫撥款收入一覽表
單位：新臺幣億元；%
附屬單位預算
分預算名稱
公庫撥款
收入
基金來源
公庫撥款占比
中央研究院
科學研究基金
12.65
42.76
29.58
行政院國家科學技術發展基金
425.22
441.65
96.28
離島建設基金
8.66
8.67
99.88
新住民發展基金
4.00
4.07
98.28
國土永續
發展基金
101.03
101.56
99.48
私立高級中等以上學校退場基金
1.92
1.97
97.46
毒品防制基金
6.62
6.83
96.93
經濟
特別收入基金
石油基金
69.78
118.18
59.05
中小企業發展基金
27.12
28.62
94.76
農業
特別收入基金
農業天然災害救助基金
81.95
82.08
99.84
農產品受進口損害救助基金
137.63
147.05
93.59
農業發展基金
146.24
226.98
64.43
就業安定基金
(不含分預算)
1.67
279.99
0.60
就業安定基金
勞工權益基金
0.28
0.54
51.85
衛生福利
特別收入基金
家庭暴力及性侵害防治基金
7.10
7.29
97.39
疫苗基金
108.28
132.68
81.61
社會福利基金
1.41
36.06
3.91
生產事故救濟基金
0.43
2.85
15.09
環境保護基金
空氣污染防制基金
1.04
52.55
1.98
溫室氣體管理基金
3.10
5.13
60.43
合計
1,146.13
1,727.51
66.35
說 明：本表數據為決算審定數。
資料來源：主計總處。
(三)特別收入基金超支併決算金額111年度為283億餘元，113年度已增加至將近300億元，部分計畫甚至連續4及5年有超支情事，允宜督促其加強執行控管
審計部113年度中央政府總決算審核報告指出，特別收入基金總支出預算數，由111年度之3,065億餘元，成長至113年度之3,393億餘元，決算數亦由111年度之3,175億餘元，增加至113年度之3,444億餘元；至超支併決算金額111年度為283億餘元，113年度已增加至298億餘元，其中農業特別收入基金(包括農業天然災害救助基金及農業發展基金2個分基金)及金融監督管理基金等，甚至有同一業務計畫連續4及5年超支之情事(詳表3)，允宜加強督促覈實編製預算及執行控管。特別收入基金為政事型特種基金，雖按預算法第89條及第87條第1項、114年1月1日生效之附屬單位預算執行要點第27點及第30點等規範意旨，配合業務增減需要隨同調整之收支得併決算辦理，惟允宜在年度業務執行時，在可用財源範圍內審慎運用預算執行彈性。
表3 中央政府特別收入基金同一業務計畫連續4及5年度辦理超支併決算情形表 單位：新臺幣千元
基金名稱
業務計畫名稱
年度
預算數
（A）
決算審定數(B)
超支併決算數(B-A)
連續4年度
農業特別收入基金
農業天然災害救助計畫(農業天然災害救助基金)
110
1,804,516
4,119,531
2,315,015
111
1,750,637
3,132,746
1,382,109
112
1,711,062
3,595,295
1,884,233
113
2,710,336
7,548,404
4,838,068
連續5年度
農業特別收入基金
產銷調節計畫(詳說明，農業發展基金)
109
158,755
443,695
284,940
110
190,823
343,649
152,826
111
321,954
1,099,885
777,931
112
501,204
1,448,612
947,408
113
131,204
376,688
245,484
金融監督管理基金
支應金融業退場處理計畫
109
25,209,194
27,021,142
1,811,948
110
25,997,953
28,960,291
2,962,338
111
26,260,421
32,060,409
5,799,988
112
27,713,640
39,542,831
11,829,191
113
28,882,990
46,929,080
18,046,090
說 明:109至111年度為產銷調節緊急處理計畫。
資料來源:109至112年度中央政府總決算附屬單位決算及綜計表審核報告(非營業部分)、113年度各特別收入基金決算書，本中心整理。
綜上，近7年中央政府特別收入基金接受公庫撥款收入總額均逾千億元，115年度受撥數為近7年來新高，其中10個(分)基金國庫撥款收入占其基金收入來源比率達九成以上，並有7個特別收入(分)基金連續5年接受公庫撥補逾九成，除與預算法第4條特別收入基金相關規定意旨未盡相符外，亦影響政府財政資源之統籌調度，加重財政負擔，允宜持續檢討各該基金應具備國庫撥補以外財源之適足性，增加可彈性規劃運用資源，俾健全基金財務；另特別收入基金超支併決算金額113年度已增加至將近300億元，部分計畫甚至連續4及5年有超支之情事，允宜督促改善。