竹科、中科與南科115年度預算案「工商行政」計畫分別編列245萬8千元、2,985萬7千元及369萬2千元，辦理園區事業工商登記營運調查、管理費收取與審查及催收、資訊系統管理維護等業務所需經費。經查：
(一)園區事業依土地廠房面積或營業額繳納管理費
依科學園區管理費收取辦法規定略以，園區事業應按租用土地或廠房面積計算繳納管理費，若園區事業營業額之千分之1.9超過前述管理費者，改依營業額千分之1.9繳納管理費；金融機構以銷售額萬分之2繳納管理費；其他機構依租用面積採分段累進計費繳納管理費。園區事業繳納管理費係提供向稅捐稽徵機關蓋妥收件章之銷售額與稅額申報書影本，據以計算管理費繳納數額。
(二)人工抽核部分園區事業銷售額申報，逾一成申報不正確，另有5.67倍園區事業未被查核
為確保園區管理費收取正確性，園區管理局定期抽核園區事業單位銷售額申報資料，若有銷售額差異須補繳或溢退管理費之情事者，再請廠商補正，為加強查核廣度，自110年度起將抽核比率由10%提高至15%，依據國科會提供108至113年度查驗結果，竹科及中科不正確比率於108至112年度概呈減少趨勢，竹科由108年度18%降至2.33%，中科由35.71%降至8.33%，惟113年度卻分別增加至6.25%及16.67%，南科由109年度12.50%逐年增至112年度41.94%，再降至113年度19.44%，113年度整體查驗不正確比率仍有一成(10.90%) (詳表1)，若以抽核比率15%計算，另有5.67倍之廠商銷售額申報資料未被查核。據園區管理局表示，為研議以資訊系統勾稽做法之可行性，經洽詢國稅機關，考量為維護營業人資料機密及現行園區作法運作效果尚佳，仍維持現行園區人工查核作法，由被抽核廠商提供銷售額資料後，再函請國稅局確認資料正確性。鑒於現行查核做法仍有局限性，允宜持續精進查核機制，俾提升管理費申報正確性，並減輕人工查核負擔。
綜上，科學園區管理費收取仰賴人工抽核，惟近兩年查驗結果觀察，仍有逾一成廠商申報不正確，另尚有5.67倍廠商申報資料未能被查核，允宜持續精進查核機制，以有效提升管理費申報正確性，並減輕人工負擔與提升整體稽核效益。
表1 108至113年度科學園區調查銷售額抽核及查驗結果表
單位：家數；%
園區別
年度
抽核
家數(A)
查驗結果(家數)
正確
不正確
補繳
溢退
合計(B)
比率(B/A)
竹科
108
50
41
6
3
9
18.00
109
52
47
1
4
5
9.62
110
89
83
4
2
6
6.74
111
90
90
-
-
0
0.00
112
86
84
1
1
2
2.33
113
96
90
3
3
6
6.25
中科
108
14
9
2
3
5
35.71
109
15
10
2
3
5
33.33
110
135
120
10
5
15
11.11
111
23
20
0
3
3
13.04
112
24
22
2
0
2
8.33
113
24
20
2
2
4
16.67
南科
109
24
21
3
0
3
12.50
110
27
23
2
2
4
14.81
111
30
23
6
1
7
23.33
112
31
18
9
4
13
41.94
113
36
29
4
3
7
19.44
合計
108
64
50
8
6
14
21.88
109
91
78
6
7
13
14.29
110
251
226
16
9
25
9.96
111
143
133
6
4
10
6.99
112
141
124
12
5
17
12.06
113
156
139
9
8
17
10.90
資料來源：國科會提供。
(分機:8658 陳輝國)